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yljsea

银虫 (小有名气)

[求助] Openbabel求教

不知道谁用过Openbabel吗？我用的是OpenbabelGUI，里边提供了4种指纹，MACCS、FP2、FP3、FP4。我想知道有没有提供指纹对照表，也就是我怎样确定生成的指纹的含义。求赐教。希望有这方面经验的能给我指点一下。非常感激！
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1楼 2012-07-05 09:20:35
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yljsea

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yalefield at 2012-07-05 11:35:26
分子指纹是一个多“位（bit）”的编码，每一位代表着某种预定义的子结构，如果该子结构在某分子中存在，其分子指纹的对应位就是1，否则就是0。

根据分子A和B的指纹，就可以计算它们之间的相似度。这与比较图谱之 ...

谢谢你，给我讲得很详细，但我还有疑问，比如对于某个分子，我用OpenbabelGUI生成的FP3指纹是这样的“0001f000 00000005”这样我应该不能从里边看出它具有哪个子结构吧？好像很多指纹都不再是简单的1或0设置位点了。对于例子中的这种最终指纹符号我实在不理解，不知你能否帮我解答一下。非常感谢！
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3楼2012-07-05 16:02:07
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

从指纹反推出子结构，对于简单类型的指纹定义来说是可以的；但如您所说，现在大部分指纹都是“多层次”的，因此，应该说，反推是一个Impossible Mission（就像假设阿汤不再离婚）。

多层（或者叫多级）指纹的定义比较复杂，俺不建议您追究这个事情；
分子指纹设计的目的，只是比较分子结构的相似性，以及观察大量分子结构的分类（聚类）情况，并不是要反推结构（因为您是先有结构、再算指纹）。

原则上，任何不以结婚为目的的恋爱基本上都属于耍流氓，因此，任何不以比较分子相似性而试图反推结构的尝试，都属于......

不知您的导师是哪位，怎么往这个沟里带您？或者说，有啥创新性的想法，不想让俺知道？

不开玩笑了。Sybyl，Discovery Studio和MOE这类大型药物设计软件，因为是商业化的，所以说明书都比较规范，您可以查阅它们关于分子指纹的解释。OpenBabel因为是开放软件，文档就不那么严格了。
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4楼2012-07-06 00:58:49
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Sweetlyy

新虫 (初入文坛)
你好，能问一下用OpenbabelGUI怎么根据SMILES来批量计算分子指纹吗？这个不怎么会用，希望得到你的帮助
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5楼2017-09-22 09:19:25
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