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hraikeyan

金虫 (小有名气)

[求助] 基因克隆

我设计的一对引物,第一次PCR扩增时,发现扩增出来了片段,但个人感觉条带太暗,怕回收不回来,就扔了。第二次做,同样的体系,同样的条件,P出来,连一条条带都没有。而且第一次的让师兄看了,一点都不暗,说是能回收回来的。

请问各位,这是什么原因呢?为什么同样的条件,同样的体系,就是做不出来呢。
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nothing isimpossible
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Marado

金虫 (正式写手)

Dreamer

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-07-03 15:31:22
hraikeyan: 金币+2 2012-07-25 11:20:09
1:第一次P出了条带,请问是就目的条带一条呢,还是有多条条带,如果多条说明引物的特异性不是很好,需要摸条件,如果第一次就P出了一条且是目的条带的话,只是有点暗的话,可以试着加大模板量,增加PCR循环数.
2:最好对模板进行检测,看看是否污染或者浓度是否足够,酶,引物,buff,水之类的东西也得确保没有污染,这些都会不经意中影响PCR,可以一一排除.
祝楼主好运
Look,ifyouhadoneshot,oroneopportunity,toseizeeverythingyoueverwanted,inonemoment.Wouldyoucaptureit,orjustletitslip?
2楼2012-07-03 10:20:26
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hraikeyan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Marado at 2012-07-03 10:20:26
1:第一次P出了条带,请问是就目的条带一条呢,还是有多条条带,如果多条说明引物的特异性不是很好,需要摸条件,如果第一次就P出了一条且是目的条带的话,只是有点暗的话,可以试着加大模板量,增加PCR循环数.
2: ...

请问模板怎么检测?是要做电泳吗?
nothing isimpossible
3楼2012-07-03 12:22:42
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Marado

金虫 (正式写手)

Dreamer

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by hraikeyan at 2012-07-03 12:22:42
请问模板怎么检测?是要做电泳吗?...

可以做个电泳看一下模板是否被污染,然后DNA浓度可以用分光光度计测量A260/280,如果在1.7-2.0之间,DNA可被认为是比较纯的.
Look,ifyouhadoneshot,oroneopportunity,toseizeeverythingyoueverwanted,inonemoment.Wouldyoucaptureit,orjustletitslip?
4楼2012-07-03 13:14:49
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sd3824289

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议楼主在PCR仪上设计温度梯度!估计是退火温度的问题
坚持,就像流星,即使知道最后的结果,也要勇敢的走到最后!
5楼2012-07-03 15:44:06
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hraikeyan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by sd3824289 at 2012-07-03 15:44:06
建议楼主在PCR仪上设计温度梯度!估计是退火温度的问题

我用的是touch-down PCR,按说是没有问题的啊
nothing isimpossible
6楼2012-07-03 17:06:32
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雅典娜1008

木虫 (著名写手)

我也遇到过一次,同样的试剂、同样的条件,就是重复不出来~
平静、淡然、感恩
7楼2012-07-03 17:10:51
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kaikal

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流经验 2012-07-04 13:42:58
hraikeyan: 金币+3 2012-07-25 11:20:30
我觉得楼主做个温度梯度怎么样,实验这东西本来就存在着很大的偶然性的,摸索一下条件
其次看看你的引物或体系条件有没有出现问题,我想问下你用什么酶扩的?
还有就是你如果带不亮的话,可以先回收,以回收的产物为模板,进行扩增,也可以做个嵌式PCR,这样有可能效果会好些!
加油!!!
8楼2012-07-04 07:23:14
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hraikeyan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by kaikal at 2012-07-04 07:23:14
我觉得楼主做个温度梯度怎么样,实验这东西本来就存在着很大的偶然性的,摸索一下条件
其次看看你的引物或体系条件有没有出现问题,我想问下你用什么酶扩的?
还有就是你如果带不亮的话,可以先回收,以回收的产物 ...

我所用的酶rTaq酶 ,我一直用的是touch-downPCR,有两次做出来了,并且每管都有,i之后做的18管就只有三四个有条带的,而且没有之前的亮。i
请问关于引物检测怎么检测?
nothing isimpossible
9楼2012-07-04 22:46:51
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西交-flx

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-07-05 13:45:27
条带比较暗的原因,很可能是这两个:其一,引物特异性不好,如果设计的引物特异性很好的话,一般p出来的条带是很亮很亮的,不会觉得很暗;其二,模板浓度很低很低,这样的话,p出来的条带也会感觉很暗;解决方法有两个:
  其一:把模板跑个电泳看看有无污染和查看模板浓度,如果出现的条带很暗,建议将模板浓缩下,再做pcr;其二,检查完模板没有问题的情况下,重新设计引物,将引物特异性提高,同时适当改变反应条件,p出来条带会很亮的,pcr 反应条件应该用 DNATap 聚合酶。
   祝实验顺利~
10楼2012-07-05 09:57:35
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