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liulinlinyan铜虫 (正式写手)
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分子动力学模拟问题
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请教各位大侠，在进行分子动力学模拟之前，大家一般采用什么软件对大的生物分子进行能量最小化，还有就是进行蛋白质中某些氨基酸突变为其他的氨基酸的时候，如何对获得的突变后的结构进行优化的，我对这个突变后的体系进行优化，但是其某个原子上的力的数值为无限大，而势能也为很大的正值，这事什么原因呢，还有就是我在模拟的过程中发现的问题是，在进行产出模拟研究的时候，模拟盒子的体积逐渐变小，这与搜最初进行设定的边长是不相符合的，这是什么原因造成的？还有就是gromacs中的genbox程序使用始终不能获得中性体系的原因是什么，不管怎么加离子不能获得中性体系，这是由于加入离子存在着上限的原因造成的吗 对于上面的问题，我该如何解决呢？请各位大侠帮帮我吧！ 在此，首先表示我诚挚的谢意！ |
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