| 查看: 7435 | 回复: 15 | ||||||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | ||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||
zhang8826857铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
大家做RT-qPCR设计引物用的什么软件呀？
|
|||||
|
大家做RT-qPCR设计引物用的什么软件呀？荧光定量PCR的引物应该和常规的PCR引物不一样吧，应该对引物要求更高吧。 还有个问题，primer5就是primer premier5吗？都是MIT开发的吗？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子生化实验经验积累 | 核酸生物学实验经验 | 【分子生物】EPI帖 | 【初识文献代理】 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
cookies12» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有154人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求高手指点：RT-PCR的引物设计
已经有18人回复
- RT-PCR引物设计
已经有8人回复
- 求高手指导，用软件设计PCR引物
已经有5人回复
- 做RT-PCR时该用哪段氨基酸序列设计引物
已经有6人回复
- 【求助/交流】荧光定量PCR与半定量的RT－PCR在设计引物时有什么区别？
已经有8人回复
- 【求助/交流】引物设计软件
已经有5人回复
- 【分享】分享引物设计软件Primer Express 3.0
已经有12人回复
- 引物设计时总是发生严重错配怎么办？敬请大家指点！
已经有3人回复
cookies12
铜虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 16.1
- 散金: 94
- 帖子: 346
- 在线: 138小时
- 虫号: 599138
- 注册: 2008-09-11
- 性别: GG
- 专业: 植物生理与生化
10楼2012-12-11 23:43:04
西瓜
荣誉版主 (知名作家)
- MolEPI: 50
- 应助: 94 (初中生)
- 贵宾: 3.157
- 金币: 1849.6
- 散金: 11458
- 红花: 116
- 沙发: 21
- 帖子: 7553
- 在线: 1449.5小时
- 虫号: 271749
- 注册: 2006-08-13
- 性别: GG
- 专业: 细胞衰老
- 管辖: 分子生物
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+10, ★★★很有帮助, 西瓜哥就是给力啊！！！ 2012-06-20 16:58:55
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 西瓜斑斑实在是太给力了 2012-06-20 17:22:16
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+10, ★★★很有帮助, 西瓜哥就是给力啊！！！ 2012-06-20 16:58:55
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 西瓜斑斑实在是太给力了 2012-06-20 17:22:16
|
我是只用Primer Premier 5（Primer 5）来设计，主要参考了Takara的试剂盒说明书上对于引物设计的要求（如图）。 其他就是普通PCR引物的要求了，而这些只要看引物设计软件的评分就可以了，评分越高越好。我自己用Primer Premier 5设计，大部分都是95分以上的才用。 如果是用Sybr Green，由于双链DNA都会引起荧光信号，所以尽量不要有错配、二聚体、发夹结构这些东西，在这里，这些比Tm值、GC含量还要重要些。实在免不了，那么其结合强度也不能高。可以看评分里面的AG值（如图），绝对值越大，结合强度越大。具体的我不是很清楚，只记得以前生物信息学上老师说过不能大于10。我自己有好几对引物的二聚体AG值在-6左右，用着倒是很正常。 另外，荧光定量PCR常用cDNA为模板来检测表达量，这种时候就需要避免基因组DNA的干扰。在引物设计上，有一些技巧可以避免基因组DNA得到扩增：1.让上下游引物中间隔着一个大的内含子，这样基因组DNA的产物由于太大，扩增效率很低。 2.让引物的5'端和3'在不同的外显子上，这样引物就不能结合到基因组DNA上啦。 以上就是本人在设计荧光定量PCR引物上的一些经验。引物到底好不好，最好还是要看荧光定量PCR的结果，看熔解曲线，如果只有单一的峰，说明产物很特异，引物可以用。   |
2楼2012-06-20 16:28:28
4楼2012-07-01 12:02:36
zhang8826857
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 贵宾: 1.049
- 金币: 8848.4
- 散金: 606
- 红花: 72
- 沙发: 2
- 帖子: 2137
- 在线: 278.8小时
- 虫号: 1397074
- 注册: 2011-09-10
- 专业: 微生物生理与生物化学
5楼2012-07-01 13:13:01
25