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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助】blast牛人帮忙
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十口木水

金虫 (小有名气)

[求助] 【求助】blast牛人帮忙

因为小弟要比对两个菌株的基因岛，现在得到A菌17个基因岛，B菌16个基因岛，怎么才能快速对两者进行比对呢？大三学生第一次做生物信息学，知识不够，希望各位大侠给个帮助，在这拜谢了！
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1楼2012-06-18 22:13:03
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十口木水

金虫 (小有名气)
没有人帮忙吗，求助啊！！！
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2楼2012-06-18 22:18:22
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schmyly

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
将A和B的序列分别做成fasta文件。下载blast-2.2.26+本地安装，先用A或B的序列建库，再用B或A的序列blastn命令比对序列和库。
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3楼2012-06-19 08:24:27
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gungunak47

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yqbter: 金币+2, 鼓励发帖！ 2012-07-06 13:19:14
如果仅对A B 进行比对，可下载 DNAMAN软件，用起来很方便直观
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4楼2012-06-19 10:05:03
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
yqbter: 金币+2, 鼓励发帖！ 2012-07-06 13:19:21
你这种比较2个序列的叫做pairwise alignment，搜索下，很多软件。
当然也可以尝试下NCBI BLAST2SEQ
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... LAST_SPEC=blast2seq
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5楼2012-07-05 20:28:13
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