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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » ms discover 模块中，将时间步长改小，主要是影响什么呢？
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fym11fym

木虫 (正式写手)

[求助] ms discover 模块中，将时间步长改小，主要是影响什么呢？

想做一个聚合物刷的动力学模拟，优化了50000步后，做动力学时仍然出现了错误，将5000，改了很多次，仍然不能跑，也再次换了方法做模型，还是不行，最后将时间步长从1fs改到0.05fs做10ps的动力学能成功，但加到100ps时就不行了，也出现的错误。希望哪位能分析分析。改变时间步长，对结果有什么样的影响呢？谢谢

聚合物刷



错误一



100ps时出现的错误
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期望在最美丽的时候遇见你
1楼 2012-06-15 10:19:54
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-15 11:07:56
fym11fym: 金币+3, ★★★很有帮助, 非常感谢 2012-06-18 07:38:52
分子模拟的基本原理是将微分方程离散化，属于初值问题，给一个初始值，直到迭代结束。

微分方程离散化，首先涉及的就是怎么离散化，微积分原理就是无限细分，步长实际上就是细分的精度，理论来说步长越小，计算越精确，但是时间也越长

[ Last edited by chaizhm on 2012-6-15 at 14:10 ]
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壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-06-15 10:35:52
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fym11fym

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-06-15 10:35:52
分子模拟的基本原理是将微分方程离散化，属于初值问题，给一个初始值，直到迭代结束。

微分方程离散化，首先涉及的就是怎么离散化，微积分原理就是无限细分，步长实际上就是细分的精度，理论来说步长越小，计算越 ...

例如类似的体系以前一般做4000ps,步长为1fs，现在因为出现错误，不得不改为0.05fs,但只能做60ps的模拟，超过就出现错误，这样是不是不行啊
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期望在最美丽的时候遇见你
3楼2012-06-17 08:46:11
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
fym11fym: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-06-18 07:36:09
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-11-03 23:18:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by fym11fym at 2012-06-17 08:46:11
例如类似的体系以前一般做4000ps,步长为1fs，现在因为出现错误，不得不改为0.05fs,但只能做60ps的模拟，超过就出现错误，这样是不是不行啊...

可能你势场选择的不合理，或者是结构不合理
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壁立万仞，无欲则刚
4楼2012-06-17 18:39:58
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mimizong

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
fym11fym: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-06-21 07:08:52
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-11-03 23:18:12
应该是结构不合理吧，用那个minimizer试试
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5楼2012-06-19 19:01:51
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风吹雪下

金虫 (小有名气)
楼主  ，我也想做聚合物刷的模拟  ，能请教你一下么
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6楼2012-11-02 17:08:26
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fym11fym

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 风吹雪下 at 2012-11-02 17:08:26
楼主  ，我也想做聚合物刷的模拟  ，能请教你一下么

我都刚开始，请教谈不上，一起讨论吧。441217926
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期望在最美丽的时候遇见你
7楼2012-11-02 18:09:11
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