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forpal

金虫 (小有名气)

[求助] 小分子抑制剂的改造用哪款软件的什么模块比较好啊?

本小虫在做一个针对病毒蛋白酶的抑制剂设计,已通过虚拟筛选得到一批分子,然后又测试了它们的EC50和IC50,得到了两个lead compound。

现在,导师想让我用计算手段对这两化合物进行修饰和改造,我不知道该从何着手,最重要的是用哪款软件比较好呢,求大神帮忙!!!!!!
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
forpal: 金币+3 2013-08-28 16:18:40
sybyl 的CoMFA或者CoMSIA模块都可以试试,差不多都

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
知识总是多的学不完,但是真的艺不压身。
2楼2013-08-26 12:52:15
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forpal

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by s1g2k3 at 2013-08-26 12:52:15
sybyl 的CoMFA或者CoMSIA模块都可以试试,差不多都

我这就两个分子有活性数据,没法设计训练集,也就没法做QSAR吧。。
3楼2013-08-26 13:23:50
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
分子对接,看看lead 在蛋白中的结合方式,看看哪里还有修改的余地,也叫基于靶点结构的药物设计,有很多药物化学的文章就是这样
4楼2013-08-26 22:04:45
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forpal

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by houxuben at 2013-08-26 22:04:45
分子对接,看看lead 在蛋白中的结合方式,看看哪里还有修改的余地,也叫基于靶点结构的药物设计,有很多药物化学的文章就是这样

好吧 谢谢你的回答 我更想知道 有没有能帮助做生物电子等排变换或者骨架跃迁的软件
5楼2013-08-27 11:12:16
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
forpal: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-08-28 13:14:41
引用回帖:
5楼: Originally posted by forpal at 2013-08-27 11:12:16
好吧 谢谢你的回答 我更想知道 有没有能帮助做生物电子等排变换或者骨架跃迁的软件...

这种软件不是很清楚了,可能涉及到从头设计,可能DS中有类似的模块,我没有用过,这种比较经验化。Good Luck!
6楼2013-08-27 22:50:28
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