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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 小分子抑制剂的改造用哪款软件的什么模块比较好啊？
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forpal

金虫 (小有名气)

[求助] 小分子抑制剂的改造用哪款软件的什么模块比较好啊？

本小虫在做一个针对病毒蛋白酶的抑制剂设计，已通过虚拟筛选得到一批分子，然后又测试了它们的EC50和IC50，得到了两个lead compound。

现在，导师想让我用计算手段对这两化合物进行修饰和改造，我不知道该从何着手，最重要的是用哪款软件比较好呢，求大神帮忙！！！！！！
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1楼 2013-08-24 15:50:37
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
forpal: 金币+3 2013-08-28 16:18:40
sybyl 的CoMFA或者CoMSIA模块都可以试试，差不多都

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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知识总是多的学不完，但是真的艺不压身。
2楼2013-08-26 12:52:15
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forpal

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by s1g2k3 at 2013-08-26 12:52:15
sybyl 的CoMFA或者CoMSIA模块都可以试试，差不多都

我这就两个分子有活性数据，没法设计训练集，也就没法做QSAR吧。。
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3楼2013-08-26 13:23:50
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
分子对接，看看lead 在蛋白中的结合方式，看看哪里还有修改的余地，也叫基于靶点结构的药物设计，有很多药物化学的文章就是这样
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4楼2013-08-26 22:04:45
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forpal

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by houxuben at 2013-08-26 22:04:45
分子对接，看看lead 在蛋白中的结合方式，看看哪里还有修改的余地，也叫基于靶点结构的药物设计，有很多药物化学的文章就是这样

好吧 谢谢你的回答 我更想知道 有没有能帮助做生物电子等排变换或者骨架跃迁的软件
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5楼2013-08-27 11:12:16
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
forpal: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-08-28 13:14:41
引用回帖:
5楼: Originally posted by forpal at 2013-08-27 11:12:16
好吧 谢谢你的回答 我更想知道 有没有能帮助做生物电子等排变换或者骨架跃迁的软件...

这种软件不是很清楚了，可能涉及到从头设计，可能DS中有类似的模块，我没有用过，这种比较经验化。Good Luck!
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6楼2013-08-27 22:50:28
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