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guojj

铁虫 (初入文坛)

[交流] chip实验超声问题 已有2人参与

大家好:
    我所做细菌蛋白的chip实验。本实验的目的是用已获得的细菌蛋白鼠单抗,通过chip实验方法(用的是millipore的EZ-CHIP试剂盒),来筛选细菌体内可能与该蛋白有直接作用的DNA片段。
   前2次做chip实验是2011年12月,实验还算顺利进行吧。超声破碎是该实验的重点,超声波把基因组打断为100-1000bp左右大小的片段。我前2次,用chip实验2%琼脂糖胶电泳超声波打断后的DNA片段,发现其DNA条带大小在100-500bp左右。
   但是今天即2012-6-8重复该实验发现--超声破碎这步出现严重问题:1、用2ml EP管中有1ml的样品用小探头超声破碎,结果超声不足5个间隔就产生大量泡沫。
2、超声间隔为40s,超声5s;但是泡沫依然很多;3、在冰上超声,冰极易溶化,EP管位置可能有变化,探头碰壁;后用冰盒固定EP管,探头未碰壁,依然会产生很多泡沫。4、电泳发现,超声不完全。

    所以请教大家提出宝贵意见,如何解决超声问题。谢谢回复
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88414774

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我想请教一下您超声破碎的具体参数,可否告知,万分感谢!!!
4楼2015-03-28 09:11:20
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helloflyab

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你的超声功率太大,调小点试试
2楼2012-06-14 09:37:05
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guojj

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by helloflyab at 2012-06-14 09:37:05
你的超声功率太大,调小点试试

我拥的是宁波新芝的超声破碎仪,适合1.5ml的EP管超声的探头,功率不足40W,我今天处理的样品只有15ml的菌液,离心后经过处理,用1ml的溶液溶解在2mlEP管中。结果超声了30分钟,DNA片段长度约为2000-200bp 。做chip实验,超声这一步是基础,我前两次实验都可以把片段打断为1000-100bp 的。

所以,请提出宝贵意见,如何超声才能将片段打碎啊,是功率太小了?谢谢
3楼2012-06-14 20:33:27
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