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lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] 怎么用pymol分析autodock结果中的疏水和氢键作用呢

请问各位高手,怎么用pymol分析autodock结果中的疏水和氢键作用呢,配体和受体都是多肽,谢谢
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summer_101

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-10-11 08:01:00
H键用measurement应该可以。就是选几个,量一下距离,看能否形成H键。疏水可能要用surface. 在菜单中找找,或网上搜索pymol即可。有吕头的笔记,很不错。一搜即可。
2楼2012-10-11 01:31:03
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

PYMOL不适合直接显示配体和受体之间的疏水和氢键作用,建议你用ligplot作图,比较直观一些
3楼2012-10-11 08:00:51
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