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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎么用pymol分析autodock结果中的疏水和氢键作用呢
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lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] 怎么用pymol分析autodock结果中的疏水和氢键作用呢

请问各位高手，怎么用pymol分析autodock结果中的疏水和氢键作用呢，配体和受体都是多肽，谢谢
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1楼 2012-06-04 16:42:55
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summer_101

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-10-11 08:01:00
H键用measurement应该可以。就是选几个，量一下距离，看能否形成H键。疏水可能要用surface. 在菜单中找找，或网上搜索pymol即可。有吕头的笔记，很不错。一搜即可。
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2楼2012-10-11 01:31:03
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

PYMOL不适合直接显示配体和受体之间的疏水和氢键作用，建议你用ligplot作图，比较直观一些
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3楼2012-10-11 08:00:51
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