应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » CPMD跑动力学
71/1返回列表
查看: 1753  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看

雪灵

新虫 (初入文坛)

[求助] CPMD跑动力学

我用CPMD跑动力学模拟，跑了一段时间后作业掉下来了，向各位请教，怎样可以让作业接着上次的接着算，应该在输入文件中作何改动？谢谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

我学习计算的一些帖子 动力学或热力学计算

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-05-30 16:40:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

ChemiAndy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 鼓励应助！ 2012-05-31 08:08:43
简单说，在&CPMD部分第一行写入 RESTART ALL然后重新提交， CPMD会从RESTART.1文件中读入上次写入的原子坐标，轨道等信息继续算。但是有个前提，就是你前面的CPMD模拟中设置了
STORE
   100
这个关键词来设定每100步来写一次RESTART文件。如果你没有设置STORE，那么你完了，基本不可能继续跑了，只能从TRAJECTORY中找到最后保存你的几何，重新做波函数优化和温度初始化，然后接着跑。但是这样基本就跟前面的采样没有太大的时间连续性。

如果你下面打算设置STORE关键词，建议你不要设置的太频繁，因为RESTART文件非常大，我的200原子体系大约有1G，频繁写RESTART的话会严重影响计算速度。如果服务器稳定，设个1000步就差不多了；服务器不稳定的话，设个200或500.
赞一下(4人) 回复此楼
2楼2012-05-31 06:25:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

雪灵

新虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
3楼2012-05-31 07:47:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-31 10:42:43
VELOCITIES当然管用了。RESTART包括所有的必要的MD运行信息。速度RESTART对继续同一轨迹是必要的。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

雪灵
4楼2012-05-31 08:24:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪灵

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-05-31 08:24:00
VELOCITIES当然管用了。RESTART包括所有的必要的MD运行信息。速度RESTART对继续同一轨迹是必要的。

谢谢您的帮助。
回复此楼
5楼2012-05-31 10:39:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一声叹息010

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-05-31 06:25:54
简单说，在&CPMD部分第一行写入 RESTART ALL然后重新提交， CPMD会从RESTART.1文件中读入上次写入的原子坐标，轨道等信息继续算。但是有个前提，就是你前面的CPMD模拟中设置了
STORE
   100
这个关键词来设定每1 ...

请问，“100步”应该怎么理解？
对于几何优化任务：TOTAL STEP NR. =50时，第一次几何优化收敛，RESTART.1会更新。TOTAL STEP NR. =120时，第二次几何优化收敛，RESTART.1会更新。TOTAL STEP NR. =240时，第三次几何优化收敛，RESTART.1会更新。那么，这总共的240次中，RESTART.1究竟更新了几次？是5次吗
赞一下 回复此楼
静则无息，动则无敌
6楼2013-05-29 09:43:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
cpmd的manual提供的信息并不足以回答你的问题。唯一的办法是试试。
几何优化的话，写restart有必要吗？因为它会自动生成GEOMETRY.xyz，即使断掉，你可以从其中的最后一个构象开始重新优化。
赞一下 回复此楼
7楼2013-07-18 04:05:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 雪灵 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[考研] 320求调剂 +6 深郊akm 2026-04-17 6/300 2026-04-20 18:57 by fs26jie
[论文投稿] 期刊推荐 +3 材料研究生 2026-04-15 5/250 2026-04-20 16:02 by 豆豆7758
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +4 yexuqing 2026-04-19 4/200 2026-04-20 14:47 by brantleo
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 5/250 2026-04-20 10:47 by YuY66
[考博] 申博 +3 Xyyx. 2026-04-18 3/150 2026-04-20 10:44 by YuY66
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 297，工科调剂? +11 河南农业大学-能 2026-04-14 11/550 2026-04-19 20:07 by Equinoxhua
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 291求调剂 +12 关忆北. 2026-04-14 13/650 2026-04-19 16:50 by 中豫男
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +10 lzmk 2026-04-14 11/550 2026-04-19 16:42 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 307中医考研调剂 +9 于以采蘩 2026-04-14 9/450 2026-04-19 08:41 by 烟雨流涯
[考研] 0854求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-15 27/1350 2026-04-19 01:59 by 烟雨流涯
[考研] 297，工科调剂? +5 河南农业大学-能 2026-04-14 5/250 2026-04-18 15:17 by Equinoxhua
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[考研] 一志愿华中农业071010，320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭