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雪灵

新虫 (初入文坛)

[求助] CPMD跑动力学

我用CPMD跑动力学模拟，跑了一段时间后作业掉下来了，向各位请教，怎样可以让作业接着上次的接着算，应该在输入文件中作何改动？谢谢
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1楼 2012-05-30 16:40:22
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 鼓励应助！ 2012-05-31 08:08:43
简单说，在&CPMD部分第一行写入 RESTART ALL然后重新提交， CPMD会从RESTART.1文件中读入上次写入的原子坐标，轨道等信息继续算。但是有个前提，就是你前面的CPMD模拟中设置了
STORE
   100
这个关键词来设定每100步来写一次RESTART文件。如果你没有设置STORE，那么你完了，基本不可能继续跑了，只能从TRAJECTORY中找到最后保存你的几何，重新做波函数优化和温度初始化，然后接着跑。但是这样基本就跟前面的采样没有太大的时间连续性。

如果你下面打算设置STORE关键词，建议你不要设置的太频繁，因为RESTART文件非常大，我的200原子体系大约有1G，频繁写RESTART的话会严重影响计算速度。如果服务器稳定，设个1000步就差不多了；服务器不稳定的话，设个200或500.
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2楼2012-05-31 06:25:54
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雪灵

新虫 (初入文坛)
内容已删除
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3楼2012-05-31 07:47:55
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-31 10:42:43
VELOCITIES当然管用了。RESTART包括所有的必要的MD运行信息。速度RESTART对继续同一轨迹是必要的。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

雪灵
4楼2012-05-31 08:24:00
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雪灵

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-05-31 08:24:00
VELOCITIES当然管用了。RESTART包括所有的必要的MD运行信息。速度RESTART对继续同一轨迹是必要的。

谢谢您的帮助。
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5楼2012-05-31 10:39:34
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一声叹息010

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-05-31 06:25:54
简单说，在&CPMD部分第一行写入 RESTART ALL然后重新提交， CPMD会从RESTART.1文件中读入上次写入的原子坐标，轨道等信息继续算。但是有个前提，就是你前面的CPMD模拟中设置了
STORE
   100
这个关键词来设定每1 ...

请问，“100步”应该怎么理解？
对于几何优化任务：TOTAL STEP NR. =50时，第一次几何优化收敛，RESTART.1会更新。TOTAL STEP NR. =120时，第二次几何优化收敛，RESTART.1会更新。TOTAL STEP NR. =240时，第三次几何优化收敛，RESTART.1会更新。那么，这总共的240次中，RESTART.1究竟更新了几次？是5次吗
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静则无息，动则无敌
6楼2013-05-29 09:43:42
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
cpmd的manual提供的信息并不足以回答你的问题。唯一的办法是试试。
几何优化的话，写restart有必要吗？因为它会自动生成GEOMETRY.xyz，即使断掉，你可以从其中的最后一个构象开始重新优化。
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7楼2013-07-18 04:05:03
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