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zmz148002989

新虫 (初入文坛)


[交流] CHARMM参数化的最新问题,请教Bay

我最近在对一个新氨基酸做二面角参数优化的时候遇到一个问题,请大牛指点:
  在二面角参数化的时候,我看到CHARMM里面有很多二面角的力常数为0,然后我用QM的方法扫描了一下二面角,发现二面角翻转的能量变化是比较明显的。
  问题是:1 如果力常数为0,是不是代表在模拟过程中不考虑这个二面角的能量。赋予这个二面角很大的自由度,如果是这样的话,在CHARMM里,什么样的二面角需要如此设置。
            2  很多文献都指出,关于键角键长的参数优化,是利用HESSIEN矩阵换算的,我的问题是,可不可以不用HESSIEN矩阵变换,因为在这个变换中常常会有问题。是否在这个扫描的过程中也做能量扫描呢。我试着测试了一下,感觉能量扫描和CHARMM里面的力场符合程度是可以的。
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jessesunlu

新虫 (正式写手)



zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
第一个问题  我见过一个二面角设置两个值  可能叠加使用  第二个我以前问过老师是可以的  键能和角动量对结果一般影响不大
16楼2013-01-06 05:25:56
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neu234

木虫之王 (文学泰斗)



zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
文献大多不可靠
2楼2012-05-24 21:25:28
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★ ★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1 2012-05-24 22:04:47
不能太相信文献,不过你的第二个问题应该是可以的哦~~~~~~~~~~~~~~`
3楼2012-05-24 22:04:03
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superdirac

木虫 (正式写手)


★ ★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:03:47
楼主最好把你的分子上传到 这个网站上。https://www.paramchem.org/
看看这个 网站给出的结果,怎么样。
14楼2012-12-02 16:45:27
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