应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » CHARMM参数化的最新问题，请教Bay
51/1返回列表
查看: 2410  |  回复: 17
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zmz148002989

新虫 (初入文坛)

[交流] CHARMM参数化的最新问题，请教Bay

我最近在对一个新氨基酸做二面角参数优化的时候遇到一个问题，请大牛指点：
  在二面角参数化的时候，我看到CHARMM里面有很多二面角的力常数为0，然后我用QM的方法扫描了一下二面角，发现二面角翻转的能量变化是比较明显的。
  问题是：1 如果力常数为0，是不是代表在模拟过程中不考虑这个二面角的能量。赋予这个二面角很大的自由度，如果是这样的话，在CHARMM里，什么样的二面角需要如此设置。
            2  很多文献都指出，关于键角键长的参数优化，是利用HESSIEN矩阵换算的，我的问题是，可不可以不用HESSIEN矩阵变换，因为在这个变换中常常会有问题。是否在这个扫描的过程中也做能量扫描呢。我试着测试了一下，感觉能量扫描和CHARMM里面的力场符合程度是可以的。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-05-24 15:50:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jessesunlu

新虫 (正式写手)
★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
第一个问题  我见过一个二面角设置两个值  可能叠加使用  第二个我以前问过老师是可以的  键能和角动量对结果一般影响不大
赞一下 回复此楼
16楼2013-01-06 05:25:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 18 个回答

neu234

木虫之王 (文学泰斗)
★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
文献大多不可靠
回复此楼
2楼2012-05-24 21:25:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

userhung

禁虫 (文学泰斗)
★ ★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1 2012-05-24 22:04:47
不能太相信文献，不过你的第二个问题应该是可以的哦~~~~~~~~~~~~~~`
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-24 22:04:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:03:47
楼主最好把你的分子上传到 这个网站上。https://www.paramchem.org/。
看看这个 网站给出的结果，怎么样。
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2012-12-02 16:45:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 18 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭