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CHARMM参数化的最新问题，请教Bay
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我最近在对一个新氨基酸做二面角参数优化的时候遇到一个问题，请大牛指点： 在二面角参数化的时候，我看到CHARMM里面有很多二面角的力常数为0，然后我用QM的方法扫描了一下二面角，发现二面角翻转的能量变化是比较明显的。 问题是：1 如果力常数为0，是不是代表在模拟过程中不考虑这个二面角的能量。赋予这个二面角很大的自由度，如果是这样的话，在CHARMM里，什么样的二面角需要如此设置。 2 很多文献都指出，关于键角键长的参数优化，是利用HESSIEN矩阵换算的，我的问题是，可不可以不用HESSIEN矩阵变换，因为在这个变换中常常会有问题。是否在这个扫描的过程中也做能量扫描呢。我试着测试了一下，感觉能量扫描和CHARMM里面的力场符合程度是可以的。 |
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zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:03:47
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:03:47
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楼主最好把你的分子上传到 这个网站上。https://www.paramchem.org/。 看看这个 网站给出的结果，怎么样。 |
14楼2012-12-02 16:45:27
