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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » CHARMM参数化的最新问题，请教Bay
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zmz148002989

新虫 (初入文坛)

[交流] CHARMM参数化的最新问题，请教Bay

我最近在对一个新氨基酸做二面角参数优化的时候遇到一个问题，请大牛指点：
  在二面角参数化的时候，我看到CHARMM里面有很多二面角的力常数为0，然后我用QM的方法扫描了一下二面角，发现二面角翻转的能量变化是比较明显的。
  问题是：1 如果力常数为0，是不是代表在模拟过程中不考虑这个二面角的能量。赋予这个二面角很大的自由度，如果是这样的话，在CHARMM里，什么样的二面角需要如此设置。
            2  很多文献都指出，关于键角键长的参数优化，是利用HESSIEN矩阵换算的，我的问题是，可不可以不用HESSIEN矩阵变换，因为在这个变换中常常会有问题。是否在这个扫描的过程中也做能量扫描呢。我试着测试了一下，感觉能量扫描和CHARMM里面的力场符合程度是可以的。
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1楼 2012-05-24 15:50:53
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:03:47
楼主最好把你的分子上传到 这个网站上。https://www.paramchem.org/。
看看这个 网站给出的结果，怎么样。
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14楼2012-12-02 16:45:27
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普通回帖

neu234

木虫之王 (文学泰斗)
★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
文献大多不可靠
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2楼2012-05-24 21:25:28
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★ ★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1 2012-05-24 22:04:47
不能太相信文献，不过你的第二个问题应该是可以的哦~~~~~~~~~~~~~~`
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3楼2012-05-24 22:04:03
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gcworm

木虫 (职业作家)
路过，帮你顶一下
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15楼2012-12-03 13:57:04
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jessesunlu

新虫 (正式写手)
★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
第一个问题  我见过一个二面角设置两个值  可能叠加使用  第二个我以前问过老师是可以的  键能和角动量对结果一般影响不大
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16楼2013-01-06 05:25:56
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29050801

新虫 (小有名气)
★
zmz148002989(金币+1): 谢谢参与
mark
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18楼2014-06-18 13:20:14
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xachenxi4楼
2012-05-24 22:28   回复  
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zdm1235楼
2012-05-24 22:42   回复  
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goingabroad6楼
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shihao6117楼
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我不搞学术8楼
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覃理梅sbejcf9楼
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发芽豆LL10楼
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102832764511楼
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strive12312312楼
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hyudlut13楼
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yingying158817楼
2013-01-06 18:16   回复  
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