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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 要做cDNA文库，但是cDNA合成的结果有问题，是哪出问题了呢？
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wrp814

铜虫 (小有名气)

[求助] 要做cDNA文库，但是cDNA合成的结果有问题，是哪出问题了呢？

最近要做cDNA文库，但是cDNA合成的结果有问题，不知道是哪出问题了？
下面是cDNA合成之后，LD-PCR之后的电泳结果。一大片的抹带，还有上面和下面的也不知道是什么东西。

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1楼 2012-05-21 12:18:36
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anhongxue

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的点样孔怎么有杂质呢？是不是你提取的RNA就有问题啊！我也做cDNA文库构建，以后可以多交流。
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2楼2012-05-21 13:22:02
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wrp814

铜虫 (小有名气)
你的点样孔怎么有杂质呢？是不是你提取的RNA就有问题啊！我也做cDNA文库构建，以后可以多交流。
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3楼2012-05-21 14:36:37
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wrp814

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by anhongxue at 2012-05-21 13:22:02:
你的点样孔怎么有杂质呢？是不是你提取的RNA就有问题啊！我也做cDNA文库构建，以后可以多交流。

对呀，杂质是什么呢。不知道原因啊，而且最下面好像也有杂质。你提完的RNA做DNase I试验吗？还是直接用于cDNA合成。
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4楼2012-05-21 19:33:50
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kuaile-RJ

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-22 08:32:09
从你的电泳图片来看，初步分析是跑胶的问题，你的Marker貌似也有抹带啊，还有你的点样孔都存在污染，楼主可以重新跑胶试试。光看cDNA的话，貌似还可以吧，亮度可以，而且是呈现弥散拖尾状态。不知道楼主提完RNA跑胶没有，一般RNA质量好的话，逆转录成cDNA应该不成问题。个人见解，希望对楼主有所帮助！
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5楼2012-05-21 23:52:46
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skuy1223

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议楼主考虑一下所用RNA的纯度和完整性
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努力！
6楼2012-05-22 08:46:10
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anhongxue

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by wrp814 at 2012-05-21 19:33:50:
对呀，杂质是什么呢。不知道原因啊，而且最下面好像也有杂质。你提完的RNA做DNase I试验吗？还是直接用于cDNA合成。

我提完的RNA都用DNase I纯化的，要不然后又DNA的污染。你提完RNA没跑点用吗？没有DNA污染吗？
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7楼2012-05-22 14:21:16
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wrp814

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by anhongxue at 2012-05-22 14:21:16:
我提完的RNA都用DNase I纯化的，要不然后又DNA的污染。你提完RNA没跑点用吗？没有DNA污染吗？

材料的问题，我RNA含量就非常低，才20几ng。我直接用RNA跑PCR没有带，我就没用DNase I纯化。也不知道行是不行。
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8楼2012-05-22 23:36:13
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wrp814

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by kuaile-RJ at 2012-05-21 23:52:46:
从你的电泳图片来看，初步分析是跑胶的问题，你的Marker貌似也有抹带啊，还有你的点样孔都存在污染，楼主可以重新跑胶试试。光看cDNA的话，貌似还可以吧，亮度可以，而且是呈现弥散拖尾状态。不知道楼主提完RNA跑胶

跑胶了，质量还行。就是260/230在1点3左右   有点低。但是都说每什么影响我就用了。不知道有没有问题？
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9楼2012-05-22 23:39:52
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anhongxue

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by wrp814 at 2012-05-22 23:36:13:
材料的问题，我RNA含量就非常低，才20几ng。我直接用RNA跑PCR没有带，我就没用DNase I纯化。也不知道行是不行。

含量低不是问题，重要的是纯度，要没有污染。
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10楼2012-05-23 13:55:42
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