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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 求助关于生物多样性分析（bio-dap）
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jfleer

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于生物多样性分析（bio-dap）

各位大神 最近小弟在研究土壤微生物群落
通过上海基康测序拿到16s t-rflp一些数据 包括片段长度和峰面积之类的
现在我想问一下 我这个数据先拿到网上https://secure.limnology.wisc.edu/trflp/index.jsp比对 看哪些片段是有效片段 再进行bio-dap算多样性指数行吗？因为样品测出来的片段峰高度都比较低 按它的说法峰高低与200的都不可信 那我的样就基本没有有效菌了 但通过上述网查到一些片段可能会对于某些菌种 所以这个比较迷茫 希望懂的教一下
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1楼2012-05-14 21:02:09
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jfleer

新虫 (初入文坛)
求回复
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2楼2012-05-14 22:53:00
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jfleer

新虫 (初入文坛)
?
3楼2012-05-15 10:24:51
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jfleer

新虫 (初入文坛)
.............................
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4楼2012-05-17 08:39:11
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jfleer

新虫 (初入文坛)
..................................
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5楼2012-05-22 11:54:03
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

是否有效，要看峰型是否好，而不是仅以峰高来决定。
如果每个峰的质量都很高，或者说没有什么背景峰，信号低也是可以用的。也是可以用来进行后续分析的
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6楼2012-05-24 12:25:19
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elon1133

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

”研究土壤微生物群落“根据nature，science的方法，可以直接454测序V3或者V6
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7楼2012-05-25 20:41:19
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vaivaiann

铜虫 (小有名气)
500p以上的舍去吧  不是200bp
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8楼2012-08-29 10:08:35
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龙小娴

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同意5楼说法，同时想问楼主，T-RFLP得出的结果能确定哪种菌相似度是多少吗？我看到有论文这样写，不知道怎么得出来的，求交流
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9楼2013-09-16 09:09:33
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