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jfleer

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于生物多样性分析(bio-dap)

各位大神 最近小弟在研究土壤微生物群落
通过上海基康测序拿到16s t-rflp一些数据 包括片段长度和峰面积之类的
现在我想问一下 我这个数据先拿到网上https://secure.limnology.wisc.edu/trflp/index.jsp比对 看哪些片段是有效片段 再进行bio-dap算多样性指数行吗?因为样品测出来的片段峰高度都比较低 按它的说法峰高低与200的都不可信 那我的样就基本没有有效菌了 但通过上述网查到一些片段可能会对于某些菌种 所以这个比较迷茫 希望懂的教一下
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jfleer

新虫 (初入文坛)

求回复
2楼2012-05-14 22:53:00
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jfleer

新虫 (初入文坛)

?
3楼2012-05-15 10:24:51
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jfleer

新虫 (初入文坛)

.............................
4楼2012-05-17 08:39:11
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jfleer

新虫 (初入文坛)

..................................
5楼2012-05-22 11:54:03
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

是否有效,要看峰型是否好,而不是仅以峰高来决定。
如果每个峰的质量都很高,或者说没有什么背景峰,信号低也是可以用的。也是可以用来进行后续分析的
6楼2012-05-24 12:25:19
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elon1133

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

”研究土壤微生物群落“根据nature,science的方法,可以直接454测序V3或者V6
7楼2012-05-25 20:41:19
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vaivaiann

铜虫 (小有名气)

500p以上的舍去吧  不是200bp
8楼2012-08-29 10:08:35
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龙小娴

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同意5楼说法,同时想问楼主,T-RFLP得出的结果能确定哪种菌相似度是多少吗?我看到有论文这样写,不知道怎么得出来的,求交流
9楼2013-09-16 09:09:33
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