应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台» 网络生活区» 有奖问答 » 有奖问答完结子版 » 关于treefinder软件的一些问题？
51/1返回列表
查看: 1442  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

sunchao159

金虫 (小有名气)

[交流] 关于treefinder软件的一些问题？

最近我在使用软件treefinder的过程中，遇到了一些问题：我的treefinder是2008年版本的，我通过jMODELTEST筛选出的模型如下：
Model selected:

   Model = TPM2uf+G

   partition = 010212

   -lnL = 2194.0723

   K = 54

   freqA = 0.2681

   freqC = 0.2730

   freqG = 0.1482

   freqT = 0.3107

   R(a) [AC] =  3.1465

   R(b) [AG] =  25.9666

   R(c) [AT] =  3.1465

   R(d) [CG] =  1.0000

   R(e) [CT] =  25.9666

   R(f) [GT] =  1.0000

   gamma shape = 0.5840

   但是在treefinder中我找不到该模型，通过看说明在treefinder的Model输入框中输入代码：

TPM2uf [{3.1465,25.9666,3.1465,1.0000,25.9666,1.0000} , {0.2681,0.2730,0.1482,0.3107}]:G[{0.5840}]:4，partition rates改为 010212

    会出现错误: "reconstructphylogeny: bad substitution model"，所以想请教各位大侠：应该怎样才能将Jmodeltest中筛选出的模型应用到treefinder中？

[ Last edited by sunchao159 on 2012-5-9 at 20:44 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-05-09 16:09:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

x200909

金虫 (正式写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
来学习的

[ 发自手机版 https://muchong.com/3g ]
回复此楼
8楼2012-05-09 17:40:47
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

顶贴少女

金虫 (著名写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
得金币了，说声谢谢！
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-09 16:17:40
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

啄虫鸟

新虫 (著名写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
闲来逛逛……
回复此楼
6楼2012-05-09 17:15:13
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凝霜刀

金虫 (正式写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
treefinder是分析啥的？
赞一下 回复此楼
10楼2012-05-09 19:34:29
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
假大空5楼
2012-05-09 17:09  
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
祝福
查看全部 12 个回答
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +4 wangyl_123 2026-10-10 8/400 2026-10-12 18:09 by wangyl_123
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +5 Isak0320 2026-10-12 7/350 2026-10-12 18:03 by 有人要害朕
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3 好运来～9527 2026-10-10 6/300 2026-10-12 14:55 by 简单化xn
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +5 13108017953 2026-10-08 5/250 2026-10-10 11:15 by wdwd123
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭