应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台» 网络生活区» 有奖问答 » 有奖问答完结子版 » 关于treefinder软件的一些问题？
121/1返回列表
查看: 1304  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sunchao159

金虫 (小有名气)

[交流] 关于treefinder软件的一些问题？

最近我在使用软件treefinder的过程中，遇到了一些问题：我的treefinder是2008年版本的，我通过jMODELTEST筛选出的模型如下：
Model selected:

   Model = TPM2uf+G

   partition = 010212

   -lnL = 2194.0723

   K = 54

   freqA = 0.2681

   freqC = 0.2730

   freqG = 0.1482

   freqT = 0.3107

   R(a) [AC] =  3.1465

   R(b) [AG] =  25.9666

   R(c) [AT] =  3.1465

   R(d) [CG] =  1.0000

   R(e) [CT] =  25.9666

   R(f) [GT] =  1.0000

   gamma shape = 0.5840

   但是在treefinder中我找不到该模型，通过看说明在treefinder的Model输入框中输入代码：

TPM2uf [{3.1465,25.9666,3.1465,1.0000,25.9666,1.0000} , {0.2681,0.2730,0.1482,0.3107}]:G[{0.5840}]:4，partition rates改为 010212

    会出现错误: "reconstructphylogeny: bad substitution model"，所以想请教各位大侠：应该怎样才能将Jmodeltest中筛选出的模型应用到treefinder中？

[ Last edited by sunchao159 on 2012-5-9 at 20:44 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-05-09 16:09:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

顶贴少女

金虫 (著名写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
得金币了，说声谢谢！
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-09 16:17:40
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang7311

铁杆木虫 (文坛精英)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
祝好运！
回复此楼
4楼2012-05-09 16:49:29
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

啄虫鸟

新虫 (著名写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
闲来逛逛……
回复此楼
6楼2012-05-09 17:15:13
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

x200909

金虫 (正式写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
来学习的

[ 发自手机版 https://muchong.com/3g ]
回复此楼
8楼2012-05-09 17:40:47
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凝霜刀

金虫 (正式写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
treefinder是分析啥的？
赞一下 回复此楼
10楼2012-05-09 19:34:29
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangy1220

新虫 (职业作家)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主
回复此楼
12楼2012-05-09 19:55:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
sesame_oil3楼
2012-05-09 16:35  
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
假大空5楼
2012-05-09 17:09  
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
祝福
neu2347楼
2012-05-09 17:29  
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
曾经的我9楼
2012-05-09 17:41  
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
祝福
syhorchid11楼
2012-05-09 19:50  
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 sunchao159 的主题更新
121/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今年审到国自然15份，谈谈感受 +22 国自然国社科中 2026-05-17 23/1150 2026-05-21 20:08 by botar
[基金申请] 面上本子正文33页，违规吗？会被低分嘛？ +14 1234567wang 2026-05-17 16/800 2026-05-21 17:58 by 脆脆的饼干
[基金申请] 国自然上会要求 +7 无名者登山 2026-05-18 11/550 2026-05-21 15:50 by draco1987
[论文投稿] 投稿求助，期刊 +4 希冀，有书读 2026-05-20 6/300 2026-05-21 15:09 by 982564
[基金申请] 评审有感 +15 popular289 2026-05-18 26/1300 2026-05-21 10:35 by 西葫芦炒鸡蛋
[论文投稿] Sci. Bull. 悲剧经验 +7 jyang1999 2026-05-16 8/400 2026-05-21 08:50 by 能丫
[基金申请] 河北省自然科学基金 +4 Peterchao 2026-05-18 4/200 2026-05-21 08:17 by articlefan
[论文投稿] 投MDPI的三个期刊都被桌拒 +3 木虫研究牲 2026-05-17 4/200 2026-05-21 08:02 by bobvan
[考博] 如果工作了想读博，可以边工作边读全日制嘛？ 30+3 铁达火车 2026-05-18 5/250 2026-05-20 09:33 by tfang
[有机交流] 如何实现卤原子转化 +3 BT20230424 2026-05-15 8/400 2026-05-20 09:32 by xtlilibin
[教师之家] 上海大学实验技术岗位非升即走 +12 嘻嘻哈哈乐呵呵 2026-05-15 13/650 2026-05-20 08:34 by xli1984
[考博] 找博士生导师 +6 小代想上岸 2026-05-15 7/350 2026-05-19 10:22 by free_fisher
[考博] 26/27申博自荐-锂/钠电池方向 5+3 狗头军师. 2026-05-15 4/200 2026-05-19 09:10 by moonboat
[基金申请] 同样的基金本子，换个专家直接从C变A！ (金币-10) +3 国自然国社科中 2026-05-19 3/150 2026-05-19 08:50 by Equinoxhua
[考博] 2026博士还有哪些学校有名额 +7 小王求读研 2026-05-15 8/400 2026-05-19 08:27 by zhyzzh
[考博] 博士申请 +5 星…… 2026-05-18 6/300 2026-05-18 23:49 by 糊糊涂涂好
[硕博家园] 我在等一个没有答案的答案 +3 Love_MH 2026-05-17 3/150 2026-05-18 02:22 by 竹林孤影
[文学芳草园] 半夜喝咖啡 +3 myrtle 2026-05-15 5/250 2026-05-18 01:03 by 小沈2018
[考博] 光量子物理方向 博士招生 1人（2026.09） +3 sandyworld 2026-05-15 4/200 2026-05-17 14:38 by sandyworld
[硕博家园] 申请博士 +3 呃?呃 2026-05-15 3/150 2026-05-16 11:01 by a4742549
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭