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[交流]
关于treefinder软件的一些问题？
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最近我在使用软件treefinder的过程中，遇到了一些问题：我的treefinder是2008年版本的，我通过jMODELTEST筛选出的模型如下： Model selected: Model = TPM2uf+G partition = 010212 -lnL = 2194.0723 K = 54 freqA = 0.2681 freqC = 0.2730 freqG = 0.1482 freqT = 0.3107 R(a) [AC] = 3.1465 R(b) [AG] = 25.9666 R(c) [AT] = 3.1465 R(d) [CG] = 1.0000 R(e) [CT] = 25.9666 R(f) [GT] = 1.0000 gamma shape = 0.5840 但是在treefinder中我找不到该模型，通过看说明在treefinder的Model输入框中输入代码： TPM2uf [{3.1465,25.9666,3.1465,1.0000,25.9666,1.0000} , {0.2681,0.2730,0.1482,0.3107}]:G[{0.5840}]:4，partition rates改为 010212 会出现错误: "reconstructphylogeny: bad substitution model"，所以想请教各位大侠：应该怎样才能将Jmodeltest中筛选出的模型应用到treefinder中？ [ Last edited by sunchao159 on 2012-5-9 at 20:44 ] |
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6楼2012-05-09 17:15:13
2楼2012-05-09 16:17:40
8楼2012-05-09 17:40:47
10楼2012-05-09 19:34:29
简单回复
假大空5楼
2012-05-09 17:09
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
祝福