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sunchao159

金虫 (小有名气)

[交流] 关于treefinder软件的一些问题？

最近我在使用软件treefinder的过程中，遇到了一些问题：我的treefinder是2008年版本的，我通过jMODELTEST筛选出的模型如下：
Model selected:

   Model = TPM2uf+G

   partition = 010212

   -lnL = 2194.0723

   K = 54

   freqA = 0.2681

   freqC = 0.2730

   freqG = 0.1482

   freqT = 0.3107

   R(a) [AC] =  3.1465

   R(b) [AG] =  25.9666

   R(c) [AT] =  3.1465

   R(d) [CG] =  1.0000

   R(e) [CT] =  25.9666

   R(f) [GT] =  1.0000

   gamma shape = 0.5840

   但是在treefinder中我找不到该模型，通过看说明在treefinder的Model输入框中输入代码：

TPM2uf [{3.1465,25.9666,3.1465,1.0000,25.9666,1.0000} , {0.2681,0.2730,0.1482,0.3107}]:G[{0.5840}]:4，partition rates改为 010212

    会出现错误: "reconstructphylogeny: bad substitution model"，所以想请教各位大侠：应该怎样才能将Jmodeltest中筛选出的模型应用到treefinder中？

[ Last edited by sunchao159 on 2012-5-9 at 20:44 ]
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1楼 2012-05-09 16:09:10
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啄虫鸟

新虫 (著名写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
闲来逛逛……
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6楼2012-05-09 17:15:13
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顶贴少女

金虫 (著名写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
得金币了，说声谢谢！
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-09 16:17:40
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x200909

金虫 (正式写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
来学习的

[ 发自手机版 https://muchong.com/3g ]
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8楼2012-05-09 17:40:47
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凝霜刀

金虫 (正式写手)
★
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
treefinder是分析啥的？
赞一下 回复此楼
10楼2012-05-09 19:34:29
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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假大空5楼
2012-05-09 17:09  
sunchao159(金币+1): 谢谢参与
祝福
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