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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » AMBER11+AmberTool1.5安装出错（ 显卡型号GTX680）
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mengyan142

木虫 (小有名气)

[求助] AMBER11+AmberTool1.5安装出错（ 显卡型号GTX680）

显卡GTX680, 系统CentOS6.2 ,显卡驱动NVIDIA-Linux-x86_64-295.49.run，CUDA Toolkit 4.0， 编译器l_fcompxe_2011.9.293、 l_ccompxe_2011.9.293
在安装CUDA加速的PMEMD这步，测试的时候提示：cudaMemcpyToSymbol: SetSim copy to cSim failed invalid device symbol

详细提示如下： ./test_amber_cuda.sh
Using default GPU_ID = -1
Using default PREC_MODEL = SPDP
Warning. DO_PARALLEL is set to mpirun -np 4. This environment variable is being unset.
cd cuda && make -k test.pmemd.cuda GPU_ID=-1 PREC_MODEL=SPDP
make[1]: Entering directory `/home/xmpu211/amber11/test/cuda'
------------------------------------
Running CUDA Implicit solvent tests.
  Precision Model = SPDP
           GPU_ID = -1
------------------------------------
cd trpcage/ && ./Run_md_trpcage -1 SPDP netcdf.mod
cudaMemcpyToSymbol: SetSim copy to cSim failed invalid device symbol
  ./Run_md_trpcage:  Program error
make[1]: *** [test.pmemd.cuda.gb] Error 1
cd gb_ala3/ && ./Run.igb1_ntc1_min -1 SPDP netcdf.mod
cudaMemcpyToSymbol: SetSim copy to cSim failed invalid device symbol
  ./Run.igb1_ntc1_min:  Program error
make[1]: *** [test.pmemd.cuda.gb.serial] Error 1
------------------------------------
Running CUDA Explicit solvent tests.
  Precision Model = SPDP
           GPU_ID = -1
------------------------------------
cd 4096wat/ && ./Run.pure_wat -1 SPDP netcdf.mod
cudaMemcpyToSymbol: SetSim copy to cSim failed invalid device symbol
  ./Run.pure_wat:  Program error
make[1]: *** [test.pmemd.cuda.pme] Error 1
make[1]: Target `test.pmemd.cuda' not remade because of errors.
make[1]: Leaving directory `/home/xmpu211/amber11/test/cuda'
make: *** [test.pmemd.cuda] Error 2
make: Target `test.serial.cuda' not remade because of errors.
0 file comparisons passed
0 file comparisons failed
9 tests experienced errors
Test log file saved as logs/test_amber_cuda/2012-05-09_08-55-32.log
No test diffs to save!

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1楼 2012-05-09 10:07:01
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量化新手
顶一下
2楼2012-05-10 09:36:19
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tenkou

新虫 (初入文坛)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-10 11:44:25
编译pmemd.cuda的过程中没有出错么？驱动安装之后显卡正确识别了么？
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-10 11:32:42
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengyan142

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tenkou at 2012-05-10 11:32:42:
编译pmemd.cuda的过程中没有出错么？驱动安装之后显卡正确识别了么？

驱动安装之后显卡正确识别，我在网上查到说，AMBER11不支持680，唉，悲催啊。。。。
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-11 09:48:57
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cndenis

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-13 16:55:33
引用回帖:
4楼: Originally posted by mengyan142 at 2012-05-11 09:48:57:
驱动安装之后显卡正确识别，我在网上查到说，AMBER11不支持680，唉，悲催啊。。。。

正解……你买了太先进的显卡了，680双精度/单精度比低于580，跑起来不一定有580快

再等几个月，应该就会支持了吧
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-13 16:15:45
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Ling198980

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

驱动安装之后显卡正确识别，我在网上查到说，AMBER11不支持680
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-13 16:24:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sosako

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-10 10:12:21
驱动安装显卡正确识别，AMBER11不支持680
赞一下 回复此楼
7楼2012-05-13 16:28:30
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