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涛涛不绝1988

新虫 (初入文坛)

[求助] 鱼类线粒体DNA的提取 已有1人参与

我最近在做鱼类线粒体DNA的提取,用的常规的碱裂解法提取的,提了7、8次了,但是跑完胶之后除了Maker什么也没有,急啊~ 求高手帮忙分析一下,谢了!
(具体步骤:1、取动物组织2-8g,用SE缓冲夜漂洗,剪碎,加入约30mlSE缓冲液,0℃匀浆,1500rpm 10min,取上清 12000rpm 15min,沉淀物为线粒体,用STM溶液洗一遍。
2、以溶液体积与组织重量0.2ml:1g的STM溶液悬浮线粒体,加DNaseA溶液,(终浓度达到100ug/ml)30℃水浴30min,加EDTA溶液(至终浓度10mmol/L)摇匀,10000rpm 10min,沉淀即线粒体。
3、取部分线粒体用Janus Green B染色并观察线粒体的数目、大小。
4、剩余的线粒体用SE缓冲液洗一遍,然后用4mlSE溶液悬浮纯净线粒体,均分于4支EP管中。
5、12000rpm 10min;弃上清液,每管加150ulTEN溶液,悬浮沉淀,各加入300ul新配制的溶液Ⅴ,混合均匀,冰浴10min;再各加入225ul冷的KAc溶液,冰浴30min。
6、12000rpm 10min,取上清液; 加人与上清液等体积的饱和酚, 轻摇15min; 12000rpm 10min,取上清液; 加人与上清液等体积的氯仿-异戊醇(24 : 1 ) ,充分混合均匀,轻摇15min。12000rpm 10min, 吸取水相。
7、加入1/10体积的3mol/L、PH5.2的醋酸钠,再加入两倍体积无水乙醇,冰浴30min,12000rpm 10min,加入冷的(0℃)70%乙醇溶液洗一次,12000rpm 2min。自然干燥3-4 h或4℃ 冰箱中过夜彻底干燥;加入适量TE完全溶解。
8、加入DNase-free的RNaseA溶液(终浓度200ul/ml),37℃消化60min。重复步骤6和7。
9、取一部分溶液检测mtDNA的纯度和浓度,其余-20℃备用。)
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Just do
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xiayuling

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你选择的鱼组织最好用鱼的ganzang,这样提取 的线粒体DNA多
2楼2012-05-09 10:14:26
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涛涛不绝1988

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xiayuling at 2012-05-09 10:14:26
你选择的鱼组织最好用鱼的ganzang,这样提取 的线粒体DNA多

肝脏、精巢、卵巢都试过,效果不理想!
Just do
3楼2012-08-17 19:46:23
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mitocam

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-08-18 15:16:41
问题可能在于DNAse。抽提过程中线粒体膜破裂,DNase把mtDNA给降解了。线粒体其实不是教科书所说的一粒一粒的,而是空间网状结构,抽提时就有可能线粒体膜破裂了。

能否不用DNase?染色体的DNA很长很大而且结合很多组蛋白,温和裂解细胞后很容易被离心沉淀下来的,而线粒体DNA小的多。所以用常用的RNA抽提办法,就可以抽提出RNA和mtDNA,然后用RNAase降解RNA,剩下的就是mtDNA。
4楼2012-08-18 05:55:15
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xiayuling

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

动物的线粒体DNA很小,不应该用DNase,最后沉淀用无水乙醇,
5楼2012-08-18 17:24:44
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涛涛不绝1988

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by mitocam at 2012-08-18 05:55:15
问题可能在于DNAse。抽提过程中线粒体膜破裂,DNase把mtDNA给降解了。线粒体其实不是教科书所说的一粒一粒的,而是空间网状结构,抽提时就有可能线粒体膜破裂了。

能否不用DNase?染色体的DNA很长很大而且结合很 ...

这是我毕设的时候的东西了,好久没看帖子了,现在不做这个了,不过还是谢谢你!
Just do
6楼2013-08-31 10:17:38
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南海所老龚

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

电泳看不到条带很正常,你扩增几个片段试试,只要你前期提取方法正确,扩增是没问题的
TheBestandMostBeautifulThingsintheWorldCan'tBeSeenorTouched,TheyMustBeFeltwithHeart.
7楼2014-05-11 22:01:53
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