24小时热门版块排行榜    

查看: 918  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xinji

铜虫 (小有名气)

[求助] 编程时,多原子体系的初始坐标赋值

计算分子间的势能时,对多原子体系,例如水,编程时在给水分配坐标时,应该怎么分配啊?水的三个原子都要分配坐标吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

心若在,梦就在!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by xinji at 2012-05-06 12:06:40:
自己用程序设置,应该怎么做呢

自己用程序什么意思?是自己编程吗?

水分子的每个原子都是需要给位置的
壁立万仞,无欲则刚
5楼2012-05-06 12:37:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 08:52:06
可以用VMD ,packmol 等生成你所需要的水分子,然后导出其坐标即可
2楼2012-05-02 07:46:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 08:52:16
可以用ms、vesta等软件先生成单个分子的文件(即packmol中的structure文件,可以看出那个坐标是需要分配的),然后用packmol设定环境生成所需的坐标文件
3楼2012-05-06 06:47:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinji

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-05-06 06:47:05:
可以用ms、vesta等软件先生成单个分子的文件(即packmol中的structure文件,可以看出那个坐标是需要分配的),然后用packmol设定环境生成所需的坐标文件

自己用程序设置,应该怎么做呢
心若在,梦就在!
4楼2012-05-06 12:06:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 333求调剂 +6 87639 2026-03-21 10/500 2026-03-23 10:41 by Iveryant
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
[考研] 384求调剂 +3 子系博 2026-03-22 4/200 2026-03-22 11:04 by 搏击518
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 4/200 2026-03-22 10:25 by QGZDSYS
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 299求调剂 +5 shxchem 2026-03-20 7/350 2026-03-21 17:09 by ColorlessPI
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-20 7/350 2026-03-21 16:36 by barlinike
[考研] 299求调剂 +4 某某某某位 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:30 by barlinike
[考研] 279求调剂 +5 红衣隐官 2026-03-21 5/250 2026-03-21 14:59 by lature00
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 083200学硕321分一志愿暨南大学求调剂 +3 innocenceF 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:35 by JourneyLucky
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕英一数二306 +7 z1z2z3879 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:48 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 本科郑州大学物理学院,一志愿华科070200学硕,346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
信息提示
请填处理意见