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xinji

铜虫 (小有名气)

[求助] 编程时,多原子体系的初始坐标赋值

计算分子间的势能时,对多原子体系,例如水,编程时在给水分配坐标时,应该怎么分配啊?水的三个原子都要分配坐标吗?
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 08:52:06
可以用VMD ,packmol 等生成你所需要的水分子,然后导出其坐标即可
2楼2012-05-02 07:46:33
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 08:52:16
可以用ms、vesta等软件先生成单个分子的文件(即packmol中的structure文件,可以看出那个坐标是需要分配的),然后用packmol设定环境生成所需的坐标文件
3楼2012-05-06 06:47:05
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xinji

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-05-06 06:47:05:
可以用ms、vesta等软件先生成单个分子的文件(即packmol中的structure文件,可以看出那个坐标是需要分配的),然后用packmol设定环境生成所需的坐标文件

自己用程序设置,应该怎么做呢
心若在,梦就在!
4楼2012-05-06 12:06:40
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by xinji at 2012-05-06 12:06:40:
自己用程序设置,应该怎么做呢

自己用程序什么意思?是自己编程吗?

水分子的每个原子都是需要给位置的
壁立万仞,无欲则刚
5楼2012-05-06 12:37:56
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 19:57:29
引用回帖:
4楼: Originally posted by xinji at 2012-05-06 12:06:40:
自己用程序设置,应该怎么做呢

那你为什么不用packmol生成pdb文件,编程时直接读取呢。因为好像编程原子坐标的好像都是周期性结构的比较好,还有每个原子的坐标肯定是要的(不然就成了硬球分子了)
6楼2012-05-06 12:38:37
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