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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 编程时，多原子体系的初始坐标赋值
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xinji

铜虫 (小有名气)

[求助] 编程时，多原子体系的初始坐标赋值

计算分子间的势能时，对多原子体系，例如水，编程时在给水分配坐标时，应该怎么分配啊？水的三个原子都要分配坐标吗？
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心若在，梦就在！
1楼 2012-05-01 23:40:10
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 08:52:06
可以用VMD ，packmol 等生成你所需要的水分子，然后导出其坐标即可
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2楼2012-05-02 07:46:33
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 08:52:16
可以用ms、vesta等软件先生成单个分子的文件（即packmol中的structure文件，可以看出那个坐标是需要分配的），然后用packmol设定环境生成所需的坐标文件
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3楼2012-05-06 06:47:05
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xinji

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-05-06 06:47:05:
可以用ms、vesta等软件先生成单个分子的文件（即packmol中的structure文件，可以看出那个坐标是需要分配的），然后用packmol设定环境生成所需的坐标文件

自己用程序设置，应该怎么做呢
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心若在，梦就在！
4楼2012-05-06 12:06:40
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by xinji at 2012-05-06 12:06:40:
自己用程序设置，应该怎么做呢

自己用程序什么意思？是自己编程吗？

水分子的每个原子都是需要给位置的
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壁立万仞，无欲则刚
5楼2012-05-06 12:37:56
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 19:57:29
引用回帖:
4楼: Originally posted by xinji at 2012-05-06 12:06:40:
自己用程序设置，应该怎么做呢

那你为什么不用packmol生成pdb文件，编程时直接读取呢。因为好像编程原子坐标的好像都是周期性结构的比较好，还有每个原子的坐标肯定是要的（不然就成了硬球分子了）
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6楼2012-05-06 12:38:37
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