24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 945  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xinji

铜虫 (小有名气)

[求助] 编程时,多原子体系的初始坐标赋值

计算分子间的势能时,对多原子体系,例如水,编程时在给水分配坐标时,应该怎么分配啊?水的三个原子都要分配坐标吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

心若在,梦就在!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinji

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-05-06 06:47:05:
可以用ms、vesta等软件先生成单个分子的文件(即packmol中的structure文件,可以看出那个坐标是需要分配的),然后用packmol设定环境生成所需的坐标文件

自己用程序设置,应该怎么做呢
心若在,梦就在!
4楼2012-05-06 12:06:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 08:52:06
可以用VMD ,packmol 等生成你所需要的水分子,然后导出其坐标即可
2楼2012-05-02 07:46:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 08:52:16
可以用ms、vesta等软件先生成单个分子的文件(即packmol中的structure文件,可以看出那个坐标是需要分配的),然后用packmol设定环境生成所需的坐标文件
3楼2012-05-06 06:47:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by xinji at 2012-05-06 12:06:40:
自己用程序设置,应该怎么做呢

自己用程序什么意思?是自己编程吗?

水分子的每个原子都是需要给位置的
壁立万仞,无欲则刚
5楼2012-05-06 12:37:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求助调剂,跨调 +14 X十甫寸Y 2026-04-11 15/750 2026-04-14 00:36 by 王珺璞
[考研] 本科西工大 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-13 23:08 by pies112
[考研] 327求调剂 +21 Xxjc1107. 2026-04-13 23/1150 2026-04-13 21:53 by bljnqdcc
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +21 ioodiiij 2026-04-08 21/1050 2026-04-13 20:40 by biomen
[考研] 274求调剂 +8 山阿蔓 2026-04-07 8/400 2026-04-13 20:32 by biomen
[考研] 一志愿2110,化学学硕310分,本科重点双非求调剂 +20 努力奋斗112 2026-04-08 20/1000 2026-04-13 14:24 by 张zhihao
[考研] 化工学硕 285求调剂 +29 Wisjxn 2026-04-07 29/1450 2026-04-13 13:47 by floriea
[考研] 266调剂 +10 daya sun 2026-04-07 11/550 2026-04-13 10:12 by fenglj492
[考研] 一志愿中国科学院上海有机所,有机化学356分找调剂 +12 Nadiums 2026-04-09 12/600 2026-04-13 08:50 by lhj2009
[考研] 211本科材料化工求调剂 +17 YHLAH 2026-04-11 20/1000 2026-04-13 08:46 by Sammy2
[考研] 0859,337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 085402通信工程调剂,有4项学科竞赛国奖(电赛国二),硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校) +6 白云123456789 2026-04-09 8/400 2026-04-10 21:13 by zhouxiaoyu
[考研] 337求调剂 +4 Gky09300550, 2026-04-09 4/200 2026-04-09 17:18 by 帕尔马拉特
[考研] 复试调剂,一志愿郑州大学材料与化工289分 +31 硕星赴 2026-04-08 31/1550 2026-04-09 16:54 by Delta2012
[考研] 349学科化学045106求调剂,化学类都可以 +8 保好懂懂 2026-04-08 8/400 2026-04-09 14:03 by xulei3024
[考研] 一志愿西南大学生物学学硕344 求生物学相关调剂/生物与医药 +7 超人不会飞@ 2026-04-08 7/350 2026-04-09 09:35 by gong120082
[考研] 331求调剂 +5 张元一 2026-04-07 6/300 2026-04-07 22:13 by hemengdong
[考研] 318求调剂 +5 李青山山山 2026-04-07 5/250 2026-04-07 18:24 by 蓝云思雨
[考研] 307求调剂 +3 Youth@@ 2026-04-07 3/150 2026-04-07 09:25 by 小黑不怕难
信息提示
请填处理意见