24小时热门版块排行榜    

查看: 912  |  回复: 5

xinji

铜虫 (小有名气)

[求助] 编程时,多原子体系的初始坐标赋值

计算分子间的势能时,对多原子体系,例如水,编程时在给水分配坐标时,应该怎么分配啊?水的三个原子都要分配坐标吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

心若在,梦就在!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 08:52:06
可以用VMD ,packmol 等生成你所需要的水分子,然后导出其坐标即可
2楼2012-05-02 07:46:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 08:52:16
可以用ms、vesta等软件先生成单个分子的文件(即packmol中的structure文件,可以看出那个坐标是需要分配的),然后用packmol设定环境生成所需的坐标文件
3楼2012-05-06 06:47:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinji

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-05-06 06:47:05:
可以用ms、vesta等软件先生成单个分子的文件(即packmol中的structure文件,可以看出那个坐标是需要分配的),然后用packmol设定环境生成所需的坐标文件

自己用程序设置,应该怎么做呢
心若在,梦就在!
4楼2012-05-06 12:06:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by xinji at 2012-05-06 12:06:40:
自己用程序设置,应该怎么做呢

自己用程序什么意思?是自己编程吗?

水分子的每个原子都是需要给位置的
壁立万仞,无欲则刚
5楼2012-05-06 12:37:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-06 19:57:29
引用回帖:
4楼: Originally posted by xinji at 2012-05-06 12:06:40:
自己用程序设置,应该怎么做呢

那你为什么不用packmol生成pdb文件,编程时直接读取呢。因为好像编程原子坐标的好像都是周期性结构的比较好,还有每个原子的坐标肯定是要的(不然就成了硬球分子了)
6楼2012-05-06 12:38:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xinji 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 306求调剂 +7 chuanzhu川烛 2026-03-18 7/350 2026-03-23 09:22 by king123!
[考研] 291求调剂 +5 孅華 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:20 by haoshis
[考研] 276求调剂 +3 YNRYG 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:31 by 醉在风里
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +11 梨花珞晚风 2026-03-17 11/550 2026-03-22 17:42 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +6 十三加油 2026-03-21 6/300 2026-03-22 17:00 by i_cooler
[考研] 一志愿 西北大学 ,070300化学学硕,总分287,双非一本,求调剂。 +3 晨昏线与星海 2026-03-20 3/150 2026-03-22 16:00 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +7 Auroracx 2026-03-22 7/350 2026-03-22 12:38 by 素颜倾城1988
[考研] 354求调剂 +7 Tyoumou 2026-03-18 10/500 2026-03-22 11:11 by 人来盛
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +4 NIFFFfff 2026-03-20 4/200 2026-03-22 09:49 by 2026paper
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 一志愿深大,0703化学,总分302,求调剂 +4 七月-七七 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:20 by 学员8dgXkO
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 316求调剂 +6 梁茜雯 2026-03-19 6/300 2026-03-21 06:32 by Ecowxq666!
[考研] 301求调剂 +10 yy要上岸呀 2026-03-17 10/500 2026-03-21 03:14 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 材料与化工 322求调剂 +4 然11 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:12 by luoyongfeng
[考研] 086500 325 求调剂 +3 领带小熊 2026-03-19 3/150 2026-03-20 18:38 by 尽舜尧1
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
信息提示
请填处理意见