应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 计算neb出错，请高手帮忙看看
282/3返回列表上一页123下一页
查看: 2539  |  回复: 27
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
WDD880227: 金币+1, 感谢您的详细解答 2012-05-03 08:26:32
引用回帖:
8楼: Originally posted by jixiao0526 at 2012-05-02 17:51:29:
怎么看incar的权限，怎么调整？

你输入ll看看INCAR 的权限，如果INCAR是root权限或者别人的权限你就执行不了的，你试试看在root下把INCAR的权限调节成全部可读写的，用命令chmod 666 INCAR试试看。注意转化后看看内容有没有改变。如果还不行就用777试试。
赞一下 回复此楼
11楼2012-05-02 19:03:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jixiao0526

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-02 10:50:55:
把你的INCAR拿上来，再一个检查你INCAR的权限，是不是权限太高执行不了。试试把INCAR权限调低些

SYSTEM = *****
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR= 0
SIGMA= 0.1
PREC = Medium
LREAL= Auto
#GGA=PE
#VOSKOWN=1
#NBANDS= 280
ISPIN= 2
#ENMAX= 300
NPAR=1
NEDOS=1505
EMIN=-10
EMAX=15
#electronic parameters:
NELM = 100
NELMIN = 4
EDIFF = 1.0E-4
NELMDL = -5
#ionic parameters:
NSW = 300
EDIFFG = -0.05
ISIF = 2
IBRION = 1
POTIM=0.1
IOPT=3
#Density of states' parameters:
#WIGS =1.286  0.900
#LORBIT =11
IMAGES = 8
SPRING =-5
#control output parameters:
LWAVE = T
LCHARG= T
IALGO= 38
ALGO = Normal
LVTOT=F
LSCALAPACK = .FALSE.
赞一下 回复此楼
12楼2012-05-02 19:17:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jixiao0526

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-02 10:50:55:
把你的INCAR拿上来，再一个检查你INCAR的权限，是不是权限太高执行不了。试试把INCAR权限调低些

SYSTEM = *****
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR= 0
SIGMA= 0.1
PREC = Medium
LREAL= Auto
#GGA=PE
#VOSKOWN=1
#NBANDS= 280
ISPIN= 2
#ENMAX= 300
NPAR=1
NEDOS=1505
EMIN=-10
EMAX=15
#electronic parameters:
NELM = 100
NELMIN = 4
EDIFF = 1.0E-4
NELMDL = -5
#ionic parameters:
NSW = 300
EDIFFG = -0.05
ISIF = 2
IBRION = 1
POTIM=0.1
IOPT=3
#Density of states' parameters:
#WIGS =1.286  0.900
#LORBIT =11
IMAGES = 8
SPRING =-5
#control output parameters:
LWAVE = T
LCHARG= T
IALGO= 38
ALGO = Normal
LVTOT=F
LSCALAPACK = .FALSE.
赞一下 回复此楼
13楼2012-05-02 19:19:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jixiao0526

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-02 19:03:01:
你输入ll看看INCAR 的权限，如果INCAR是root权限或者别人的权限你就执行不了的，你试试看在root下把INCAR的权限调节成全部可读写的，用命令chmod 666 INCAR试试看。注意转化后看看内容有没有改变。如果还不行就用 ...

谢谢，不过好像没什么变化啊
赞一下 回复此楼
14楼2012-05-02 19:53:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gfei2008

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227: 金币+2, 感谢交流提示 2012-05-03 08:26:53
计算NEB需要单独编译vasp，不知道你是否把那部分编译进去了？要是没有请参考http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/downloads/
#PBS -l nodes=2:ppn=8用的是2个节点，8个核。你可以根据你的要求和你的机器调整。
赞一下 回复此楼
15楼2012-05-02 20:32:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gfei2008

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你的INCAR好像设置有问题要加上要是你已经把相关部分编译进去的话，在INCAR中在设置：
ICHAIN=0
赞一下 回复此楼
16楼2012-05-02 20:37:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

亚楠

至尊木虫 (知名作家)

追逐幸福的人

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by jixiao0526 at 2012-05-02 17:53:01:
我用的是8个节点，每个节点4核

那你检查一下，看提交文件上是否是32个核。
赞一下 回复此楼
我的人生注定了有你陪伴，我们的生活会越来越美好，加油！
17楼2012-05-02 20:55:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jixiao0526

金虫 (小有名气)
???????:
16?: Originally posted by gfei2008 at 2012-05-02 20:37:00:
???INCAR???????????????????????????????????????????????INCAR?????????
ICHAIN=0

帮我看看这是什么问题
running on    4 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
01/POSCAR found :  2 types and   95 ions
WARNING: type information on POSCAR and POTCAR are incompatible
POTCAR overwrites the type information in POSCAR
typ   1 type information:  CI Mo
WARNING: type information on POSCAR and POTCAR are incompatible
POTCAR overwrites the type information in POSCAR
typ   2 type information:  fi O
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
00/POSCAR found :  2 types and   95 ions
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
05/POSCAR found :  2 types and   95 ions

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                             |
|           W    W    AA    RRRRR   N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|           W    W   A  A   R    R  NN   N  II  NN   N  G    G  !!!           |
|           W    W  A    A  R    R  N N  N  II  N N  N  G       !!!           |
|           W WW W  AAAAAA  RRRRR   N  N N  II  N  N N  G  GGG   !            |
|           WW  WW  A    A  R   R   N   NN  II  N   NN  G    G                |
|           W    W  A    A  R    R  N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|                                                                             |
|      The distance between some ions is very small                           |
|      please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file               |
|          I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE  DOING                               |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(          16 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
rank 0 in job 1  node7_37523   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9
赞一下 回复此楼
18楼2012-05-02 21:20:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jixiao0526

金虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by gfei2008 at 2012-05-02 20:37:00:
你的INCAR好像设置有问题要加上要是你已经把相关部分编译进去的话，在INCAR中在设置：
ICHAIN=0

running on    4 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
01/POSCAR found :  2 types and   95 ions
WARNING: type information on POSCAR and POTCAR are incompatible
POTCAR overwrites the type information in POSCAR
typ   1 type information:  CI Mo
WARNING: type information on POSCAR and POTCAR are incompatible
POTCAR overwrites the type information in POSCAR
typ   2 type information:  fi O
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
00/POSCAR found :  2 types and   95 ions
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
05/POSCAR found :  2 types and   95 ions

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                             |
|           W    W    AA    RRRRR   N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|           W    W   A  A   R    R  NN   N  II  NN   N  G    G  !!!           |
|           W    W  A    A  R    R  N N  N  II  N N  N  G       !!!           |
|           W WW W  AAAAAA  RRRRR   N  N N  II  N  N N  G  GGG   !            |
|           WW  WW  A    A  R   R   N   NN  II  N   NN  G    G                |
|           W    W  A    A  R    R  N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|                                                                             |
|      The distance between some ions is very small                           |
|      please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file               |
|          I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE  DOING                               |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(          16 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
rank 0 in job 1  node7_37523   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9
赞一下 回复此楼
19楼2012-05-02 21:20:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

likai0106

金虫 (小有名气)
★
WDD880227: 金币+1, 感谢您的耐心指导 2012-05-03 08:27:49
引用回帖:
19楼: Originally posted by jixiao0526 at 2012-05-02 21:20:12:
running on    4 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
01/POSCAR fo ...

楼主检查一下node7有没有问题，看看node7上mpi好用么？确定node7上没有问题再交。
赞一下 回复此楼
20楼2012-05-03 07:29:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jixiao0526 的主题更新
282/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +15 低垂的野花 2026-07-31 20/1000 2026-08-01 14:10 by gltch
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 18/900 2026-08-01 13:56 by gltch
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 8/400 2026-08-01 13:53 by y4XuShGyllvT
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 7/350 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 8/400 2026-07-31 18:13 by beefly
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[考博] 申请2027年材料/化学类博士 10+3 考研老狗? 2026-07-25 5/250 2026-07-30 19:33 by 白色木鱼
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了？ +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[有机交流] 这个自发加氧反应的机理是什么？ 50+4 YUAN2273 2026-07-25 7/350 2026-07-29 12:27 by xiaobenpu
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭