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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 计算neb出错，请高手帮忙看看
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likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
WDD880227: 金币+1, 感谢您的详细解答 2012-05-03 08:26:32
引用回帖:
8楼: Originally posted by jixiao0526 at 2012-05-02 17:51:29:
怎么看incar的权限，怎么调整？

你输入ll看看INCAR 的权限，如果INCAR是root权限或者别人的权限你就执行不了的，你试试看在root下把INCAR的权限调节成全部可读写的，用命令chmod 666 INCAR试试看。注意转化后看看内容有没有改变。如果还不行就用777试试。
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11楼2012-05-02 19:03:01
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jixiao0526

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-02 10:50:55:
把你的INCAR拿上来，再一个检查你INCAR的权限，是不是权限太高执行不了。试试把INCAR权限调低些

SYSTEM = *****
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR= 0
SIGMA= 0.1
PREC = Medium
LREAL= Auto
#GGA=PE
#VOSKOWN=1
#NBANDS= 280
ISPIN= 2
#ENMAX= 300
NPAR=1
NEDOS=1505
EMIN=-10
EMAX=15
#electronic parameters:
NELM = 100
NELMIN = 4
EDIFF = 1.0E-4
NELMDL = -5
#ionic parameters:
NSW = 300
EDIFFG = -0.05
ISIF = 2
IBRION = 1
POTIM=0.1
IOPT=3
#Density of states' parameters:
#WIGS =1.286  0.900
#LORBIT =11
IMAGES = 8
SPRING =-5
#control output parameters:
LWAVE = T
LCHARG= T
IALGO= 38
ALGO = Normal
LVTOT=F
LSCALAPACK = .FALSE.
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12楼2012-05-02 19:17:18
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jixiao0526

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-02 10:50:55:
把你的INCAR拿上来，再一个检查你INCAR的权限，是不是权限太高执行不了。试试把INCAR权限调低些

SYSTEM = *****
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR= 0
SIGMA= 0.1
PREC = Medium
LREAL= Auto
#GGA=PE
#VOSKOWN=1
#NBANDS= 280
ISPIN= 2
#ENMAX= 300
NPAR=1
NEDOS=1505
EMIN=-10
EMAX=15
#electronic parameters:
NELM = 100
NELMIN = 4
EDIFF = 1.0E-4
NELMDL = -5
#ionic parameters:
NSW = 300
EDIFFG = -0.05
ISIF = 2
IBRION = 1
POTIM=0.1
IOPT=3
#Density of states' parameters:
#WIGS =1.286  0.900
#LORBIT =11
IMAGES = 8
SPRING =-5
#control output parameters:
LWAVE = T
LCHARG= T
IALGO= 38
ALGO = Normal
LVTOT=F
LSCALAPACK = .FALSE.
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13楼2012-05-02 19:19:57
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jixiao0526

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-02 19:03:01:
你输入ll看看INCAR 的权限，如果INCAR是root权限或者别人的权限你就执行不了的，你试试看在root下把INCAR的权限调节成全部可读写的，用命令chmod 666 INCAR试试看。注意转化后看看内容有没有改变。如果还不行就用 ...

谢谢，不过好像没什么变化啊
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14楼2012-05-02 19:53:44
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gfei2008

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227: 金币+2, 感谢交流提示 2012-05-03 08:26:53
计算NEB需要单独编译vasp，不知道你是否把那部分编译进去了？要是没有请参考http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/downloads/
#PBS -l nodes=2:ppn=8用的是2个节点，8个核。你可以根据你的要求和你的机器调整。
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15楼2012-05-02 20:32:48
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gfei2008

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你的INCAR好像设置有问题要加上要是你已经把相关部分编译进去的话，在INCAR中在设置：
ICHAIN=0
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16楼2012-05-02 20:37:00
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亚楠

至尊木虫 (知名作家)

追逐幸福的人

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by jixiao0526 at 2012-05-02 17:53:01:
我用的是8个节点，每个节点4核

那你检查一下，看提交文件上是否是32个核。
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我的人生注定了有你陪伴，我们的生活会越来越美好，加油！
17楼2012-05-02 20:55:01
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jixiao0526

金虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by gfei2008 at 2012-05-02 20:37:00:
你的INCAR好像设置有问题要加上要是你已经把相关部分编译进去的话，在INCAR中在设置：
ICHAIN=0

甯垜鐪嬬湅杩欐槸浠�涔堥棶棰�
running on    4 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
01/POSCAR found :  2 types and   95 ions
WARNING: type information on POSCAR and POTCAR are incompatible
POTCAR overwrites the type information in POSCAR
typ   1 type information:  CI Mo
WARNING: type information on POSCAR and POTCAR are incompatible
POTCAR overwrites the type information in POSCAR
typ   2 type information:  fi O
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
00/POSCAR found :  2 types and   95 ions
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
05/POSCAR found :  2 types and   95 ions

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                             |
|           W    W    AA    RRRRR   N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|           W    W   A  A   R    R  NN   N  II  NN   N  G    G  !!!           |
|           W    W  A    A  R    R  N N  N  II  N N  N  G       !!!           |
|           W WW W  AAAAAA  RRRRR   N  N N  II  N  N N  G  GGG   !            |
|           WW  WW  A    A  R   R   N   NN  II  N   NN  G    G                |
|           W    W  A    A  R    R  N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|                                                                             |
|      The distance between some ions is very small                           |
|      please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file               |
|          I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE  DOING                               |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(          16 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
rank 0 in job 1  node7_37523   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9
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18楼2012-05-02 21:20:05
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jixiao0526

金虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by gfei2008 at 2012-05-02 20:37:00:
你的INCAR好像设置有问题要加上要是你已经把相关部分编译进去的话，在INCAR中在设置：
ICHAIN=0

running on    4 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
01/POSCAR found :  2 types and   95 ions
WARNING: type information on POSCAR and POTCAR are incompatible
POTCAR overwrites the type information in POSCAR
typ   1 type information:  CI Mo
WARNING: type information on POSCAR and POTCAR are incompatible
POTCAR overwrites the type information in POSCAR
typ   2 type information:  fi O
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
00/POSCAR found :  2 types and   95 ions
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
05/POSCAR found :  2 types and   95 ions

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                             |
|           W    W    AA    RRRRR   N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|           W    W   A  A   R    R  NN   N  II  NN   N  G    G  !!!           |
|           W    W  A    A  R    R  N N  N  II  N N  N  G       !!!           |
|           W WW W  AAAAAA  RRRRR   N  N N  II  N  N N  G  GGG   !            |
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|      The distance between some ions is very small                           |
|      please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file               |
|          I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE  DOING                               |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(          16 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
rank 0 in job 1  node7_37523   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9
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19楼2012-05-02 21:20:12
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likai0106

金虫 (小有名气)
★
WDD880227: 金币+1, 感谢您的耐心指导 2012-05-03 08:27:49
引用回帖:
19楼: Originally posted by jixiao0526 at 2012-05-02 21:20:12:
running on    4 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found type information on POSCAR  CI fi
01/POSCAR fo ...

楼主检查一下node7有没有问题，看看node7上mpi好用么？确定node7上没有问题再交。
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20楼2012-05-03 07:29:18
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