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hunter2010

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 超分子体系计算

本人研究超分子体系弱相互作用计算,现在有几个问题要咨询下大家,望大家在空间时间帮我解答下,谢谢。
第一:我本人几何优化的时候,就是把2个分子根据主客体关系搭建了模型,进行几何优化收敛了,频率计算后无虚频,有内振动。后然用各种方法计算,指定opt=tight,int=tight,freq=hinderedrotor,仍旧提示Warning 40 free degree significant error 之类,后然查询频率校正因子,发现没有我用的基组的校正因子,就选了个0.950.几何优化频率都是使用DFT—D就行优化,不知道优化要不要counterpoise,我看有些文件几何优化用了,有些没有。
第二,模型搭建的时候,发现我自己搭建的和文献不一样,有些文件也是和我一样,根据化学性质,放两个分子进去,进行几何优化。但还有些文献写的是利用chem3D软件组建超分子构型,比如用chem3D组建NTO, H20超分子体系势能面上的各种可能构型。我不清楚怎么用chem3D组建超分子体系势能面上的各种可能构型??构型搜索??
第三:[img]。请问这种图的分子间氢键和氢键键长画的,用什么软件

dimer
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

我优化具有弱作用的体系,从来不去写什么 opt=tight  
直接  b97d/**8  opt  

这样有弱作用的体系,初始模型很重要,绝对要先在chem3d初步优化啊,根据你的经验选择如何的作用方式,cluster模型如何稳定等,这个经验需要很多的计算经历以及文献阅读量。
我想做个科学家,可我又喜欢写诗;我想做一个诗人,可我却读的理工科..
2楼2012-04-25 16:39:39
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