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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 运行动力学模拟过程中H键势能一直为零？
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

[求助] 运行动力学模拟过程中H键势能一直为零？

为什么，在dynamic过程中氢键势能一直为零如下图：
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1楼 2012-04-24 17:03:40
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sikasun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-24 19:21:02
wangyiyongwz: 金币+2 2012-04-25 09:02:16
用是什么力场，有的力场没有单独算H键，有的如COMPASS是把H键归到范德华和静电相互作用中了。
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2楼2012-04-24 17:19:43
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caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sikasun at 2012-04-24 17:19:43:
用是什么力场，有的力场没有单独算H键，有的如COMPASS是把H键归到范德华和静电相互作用中了。

那如果我想算氢键，该用什么力场？
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自强不息
3楼2012-04-24 19:07:42
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sikasun at 2012-04-24 17:19:43:
用是什么力场，有的力场没有单独算H键，有的如COMPASS是把H键归到范德华和静电相互作用中了。

我用的是compass力场，  也就是说：意思是计算的总势能，其实已经包括了氢键的势能，只是氢键势能没有做单独计算，可以这样理解吗？
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4楼2012-04-25 09:01:57
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sikasun

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-25 09:01:57:
我用的是compass力场，  也就是说：意思是计算的总势能，其实已经包括了氢键的势能，只是氢键势能没有做单独计算，可以这样理解吗？

是的
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5楼2012-04-25 09:13:27
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sikasun

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-24 19:07:42:
那如果我想算氢键，该用什么力场？

这个我也不是很清楚，你查一下力场的说明。
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6楼2012-04-25 09:14:20
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by sikasun at 2012-04-25 09:13:27:
是的

好的，谢谢！
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7楼2012-04-26 10:07:48
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