| 查看: 1870 | 回复: 0 | ||
cfmzxf84木虫 (正式写手)
|
[求助]
关于GOLD和autodock的打分函数和自由能计算
|
|
请教，我进行小分子和酶的对接，对文献已经测定了晶体结构的配合物进行redocking，GOLD的重合度要高于autodock的 但是，GOLD的打分函数好像和能量之间的关系不是很好。我想看看小分子和酶的binding affinity 想问下，GOLD的打分函数和能量之间的关系如何？看官网说 GOLD has been optimised for the prediction of ligand binding positions rather than the prediction of binding affinities. However, we have found that a sub-component of the GOLD scoring function can be more effective, showing a 60% correlation with a test set of known binders. This can be derived from GOLD by summing the external terms of the fitness function. From the rank file of a given ligand, if the results are re-scored using only S(hb_ext) and 1.375 * S(vdw_ext), the correlation with affinity is better than if you use the full score. S(hb_ext) and 1.375 * S(vdw_ext)是S(hb_ext) +1.375 * S(vdw_ext)吗？还是S(hb_ext) or1.375 * S(vdw_ext)，具体怎么操作呢？谢谢 顺便再请教下GOLD和autodock哪个精度高？哪个文献多？谢谢 [ Last edited by cfmzxf84 on 2012-4-23 at 10:34 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？
已经有12人回复
-
2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B?
已经有4人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有29人回复
-
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有9人回复
-
是这周出结果还是下周出结果？
已经有3人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有9人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有4人回复
-
帮忙看看fileCode
已经有13人回复
-
为什么网上很多人说本周 12号出结果
已经有7人回复
-
读博的好处
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
已经有18人回复
- 【求助】关于autodock中grid的设定
已经有5人回复
- 【求助】autodock计算的结果重复性不好
已经有9人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
- 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
已经有9人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
