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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 关于在http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/中通过比对获得16S rDNA同源序列问题
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ctbctbctb

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于在http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/中通过比对获得16S rDNA同源序列问题 已有2人参与

请韩国人的网站http://eztaxon-e.ezbiocloud.net中,怎样比对获得16S rDNA同源序列。本人正在做发育树，但不知道怎么去那个网站比对。我的16S rDNA序列是：CCCTGTCACTTAGGCGGCTGGCTCCAAAAGGTTACCCCACCGACTTCGGGTGTTACAAACTCTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGGCATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCATGTAGGCGAGTTGCAGCCTACAATCCGAACTGAGAACGGTTTTATGAGATTAGCTCCACCTCGCGGTCTTGCAGCTCTTTGTACCGTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCAACTTAATGATGGCAACTAAGATCAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACTCTGCTCCCGAAGGAGAAGCCCTATCTCTAGGGTTGTCAGAGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGCCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAACTTCAGCACTAAAGGGCGGAAACCCTCTAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGTGTCAGTTACAGACCAGAAAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCATATCTCTACGCATTTCACCGCTACACATGGAATTCCACTTTCCTCTTCTGCACTCAAGTCTCCCAGTTTCCAATGACCCTCCACGGTTGAGCCGTGGGCTTTCACATCAGACTTAAGAAACCACCTGCGCGCGCTTTACGCCCAATAATTCCGGATAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAGGTGCCAGCTTATTCAACTAGCACTTGTTCTTCCCTAACAACAGAGTTTTACGACCCGAAAGCCTTCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGACGCGGGTCCATCCATAAGTGACAGCCGAAGCCGCCTTTCAATTTCGAACCATGCGGTTCAAAATGTTATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCGGAGTTATCCCAGTCTTATGGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCCGTCCGCCGCTAACTTCATAAGAGCAAGCTCTTAATCCATTCGCTCGACTGCATGTATAGCACGCCGCAACGCCC
麻烦好心的朋友给予解答，或者帮我在http://eztaxon-e.ezbiocloud.net比对一下。多谢！！
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1楼 2012-04-14 21:25:43
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luckyjunjie

新虫 (初入文坛)
为什么不上ncbi，用blastn方法。
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结实四海好友。
2楼2012-04-14 22:34:13
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痴客

木虫 (正式写手)

吃货250

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这是EzTaxon server 2.1的比对结果，与Bacillus anthracis ATCC 14578(T)的相似性为100%，也可能是Bacillus acidiceler CBD 119(T)的一个互补序列
Time (y-m-d h:m)        Tasks        Job Type        Query        Hit        Accession        Similarity
2012-4-15 0:55                    Identify        UserSeq        Bacillus anthracis ATCC 14578(T)        AB190217        100.000
2011-12-14 16:24                    Identify        UserSeq        Marinobacter algicola DG893(T)        ABCP01000031        99.533
2011-12-14 14:20                    Identify        UserSeq        Bacillus nanhaiensis JSM 082006(T)        GU477780        99.790
2011-12-14 14:5                    Identify        UserSeq        Bacillus nanhaiensis JSM 082006(T)        GU477780        99.790
2011-12-14 11:33                    Identify        UserSeq        Idiomarina zobellii KMM 231(T)        AF052741        98.974
2011-12-14 10:13                    Identify        UserSeq        Sulfitobacter pontiacus DSM 10014(T)        Y13155        99.785
2011-12-14 10:10                    Identify        UserSeq        Phaeobacter caeruleus CCUG 55859(T)        AM943630        99.857
2011-12-13 20:57                    Identify        UserSeq        Halomonas shengliensis SL014B-85(T)        EF121853        99.384
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因为这个世界上这么多的狼，我这只牧羊犬只好放弃我的温顺，向着这个世界放出最耀眼的光。
3楼2012-04-15 00:11:51
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zhr1017

新虫 (初入文坛)
亲，我qq是479717531，能不能加我一下，我有个关于ezbiocloud序列比对的问题想请教你一下，非常感谢
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4楼2014-07-06 11:10:34
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zhr1017

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 痴客 at 2012-04-15 00:11:51
这是EzTaxon server 2.1的比对结果，与Bacillus anthracis ATCC 14578(T)的相似性为100%，也可能是Bacillus acidiceler CBD 119(T)的一个互补序列
Time (y-m-d h:m)        Tasks        Job Type        Query        Hit        Accession        Similarit ...

亲，我qq是479717531，能不能加我一下，我有个关于ezbiocloud序列比对的问题想请教你一下，非常感谢
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5楼2014-07-06 11:11:47
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

好好看网站的说明，都会有说明或者说是操作方法的，要么你就去收chunlab12年发表的那篇文献，都会有说明，别人告诉你10，你去阅读能多个0，加在后面~我这打不开ezbiocloud的网页。。所以你自己查查吧
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6楼2014-07-07 00:10:56
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zjh20093489

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

为什么不用NCBI,这个网站专业么？
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7楼2015-12-22 13:59:21
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