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贵在坚持

金虫 (小有名气)

[求助] 加入geom=connectivity语句出错,为什么?

请教大家,在用高斯优化结构时,不加geom=connectivity语句时,程序没有出错提示,可是加上该语句后,老是出现 WANTED AN INTEGER AS INPUT.
  FOUND A STRING AS INPUT.
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
贵在坚持: 金币+5, 有帮助 2012-04-14 16:25:13
加了geom=connectivity,但没有连接性表,当然出错
一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
2楼2012-04-14 15:47:12
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冬天里的骄阳

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
贵在坚持: 金币+5, 有帮助 2012-04-14 16:24:59
贵在坚持: 回帖置顶 2012-04-14 16:25:23
geom=connectivity跟坐标后面的数字连接表是同时存在和消失的,如果你把后面的数字连接删了,相应的geom=connectivity也应该删除。看你的问题应该坐标后面应该没有数字连接表,那就不必非得写上geom=connectivity,对计算没影响。
3楼2012-04-14 16:02:00
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贵在坚持

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 冬天里的骄阳 at 2012-04-14 16:02:00:
geom=connectivity跟坐标后面的数字连接表是同时存在和消失的,如果你把后面的数字连接删了,相应的geom=connectivity也应该删除。看你的问题应该坐标后面应该没有数字连接表,那就不必非得写上geom=connectivity ...

你好,我是把一个结构完了之后,用gaussian view打开chk文件,发现多出几个化学键,所以我加了这语句。如果不加这语句的话,我怎么能消除那几个多出的化学键呢?谢谢
4楼2012-04-14 16:24:35
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冬天里的骄阳

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 贵在坚持 at 2012-04-14 16:24:35:
你好,我是把一个结构完了之后,用gaussian view打开chk文件,发现多出几个化学键,所以我加了这语句。如果不加这语句的话,我怎么能消除那几个多出的化学键呢?谢谢

你在google里面搜“GaussView画MO density时的成键问题”,丁博士的博客里面有处理的小程序。
5楼2012-04-14 16:33:01
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
贵在坚持: 金币+5, 有帮助 2012-04-16 13:27:01
在GaussView中设置原子间距,选不成键;或者修改gjf文件中的连接性表,不成键的原子对应的编号去掉;这种情况一般是初始结构不好造成的,你可以先用分子力学或半经验方法预优化一下。
一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
6楼2012-04-14 16:36:49
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arsc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
贵在坚持: 金币+5, 有帮助 2012-04-16 13:26:54
If you use Cartesian coordinate in your input file, then you don't need the "geom-connectivity" in your input file.
7楼2012-04-14 18:03:46
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贵在坚持

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 冬天里的骄阳 at 2012-04-14 16:33:01:
你在google里面搜“GaussView画MO density时的成键问题”,丁博士的博客里面有处理的小程序。

谢谢指点,祝你永远快乐
8楼2012-04-16 13:25:55
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