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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 加入geom=connectivity语句出错，为什么？
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贵在坚持

金虫 (小有名气)

[求助] 加入geom=connectivity语句出错，为什么？

请教大家，在用高斯优化结构时，不加geom=connectivity语句时，程序没有出错提示，可是加上该语句后，老是出现 WANTED AN INTEGER AS INPUT.
  FOUND A STRING AS INPUT.
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1楼 2012-04-14 15:06:22
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回帖置顶 ( 共有1个 )

冬天里的骄阳

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
贵在坚持: 金币+5, ★有帮助 2012-04-14 16:24:59
贵在坚持: 回帖置顶 2012-04-14 16:25:23
geom=connectivity跟坐标后面的数字连接表是同时存在和消失的，如果你把后面的数字连接删了，相应的geom=connectivity也应该删除。看你的问题应该坐标后面应该没有数字连接表，那就不必非得写上geom=connectivity，对计算没影响。
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3楼2012-04-14 16:02:00
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普通回帖

gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
贵在坚持: 金币+5, ★有帮助 2012-04-14 16:25:13
加了geom=connectivity，但没有连接性表，当然出错
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一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
2楼2012-04-14 15:47:12
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贵在坚持

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 冬天里的骄阳 at 2012-04-14 16:02:00:
geom=connectivity跟坐标后面的数字连接表是同时存在和消失的，如果你把后面的数字连接删了，相应的geom=connectivity也应该删除。看你的问题应该坐标后面应该没有数字连接表，那就不必非得写上geom=connectivity ...

你好，我是把一个结构完了之后，用gaussian view打开chk文件，发现多出几个化学键，所以我加了这语句。如果不加这语句的话，我怎么能消除那几个多出的化学键呢？谢谢
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4楼2012-04-14 16:24:35
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冬天里的骄阳

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 贵在坚持 at 2012-04-14 16:24:35:
你好，我是把一个结构完了之后，用gaussian view打开chk文件，发现多出几个化学键，所以我加了这语句。如果不加这语句的话，我怎么能消除那几个多出的化学键呢？谢谢

你在google里面搜“GaussView画MO density时的成键问题”，丁博士的博客里面有处理的小程序。
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5楼2012-04-14 16:33:01
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
贵在坚持: 金币+5, ★有帮助 2012-04-16 13:27:01
在GaussView中设置原子间距，选不成键；或者修改gjf文件中的连接性表，不成键的原子对应的编号去掉；这种情况一般是初始结构不好造成的，你可以先用分子力学或半经验方法预优化一下。
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一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
6楼2012-04-14 16:36:49
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arsc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
贵在坚持: 金币+5, ★有帮助 2012-04-16 13:26:54
If you use Cartesian coordinate in your input file, then you don't need the "geom-connectivity" in your input file.
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7楼2012-04-14 18:03:46
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贵在坚持

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 冬天里的骄阳 at 2012-04-14 16:33:01:
你在google里面搜“GaussView画MO density时的成键问题”，丁博士的博客里面有处理的小程序。

谢谢指点，祝你永远快乐
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8楼2012-04-16 13:25:55
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