应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS 用Dmol3时出现问题，求高手解答
111/2返回列表12下一页
查看: 1182  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

caijj09

木虫 (职业作家)

[求助] MS 用Dmol3时出现问题，求高手解答

再用MS 的Dmol3进行优化时，发现原子溢出，如图二所示（原始晶胞如图一所示），这是什么情况造成的？看了下outmol文件，发现有以下几个warning:

第一条：Warning: negative hessian eigenvalues    1 -0.00310819  1.38800247

第二条：Warning: center of gravity displacement      0.0000000      0.0000000      0.0000338


请问这个时候该怎么处理？

图一  原始晶胞



图二 优化后溢出的情况
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
自强不息
1楼 2012-04-13 09:06:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-13 09:16:49
caijj09: 金币+5, ★★★很有帮助, 我重建了还是会这样，重复三次都是这种情况 2012-04-13 09:35:25
rebulid一下晶格应该就可以了吧，显示问题
赞一下 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2012-04-13 09:09:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-13 10:16:48
caijj09: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢区长热心帮忙 2012-04-13 11:10:56
不会吧，rebulid应该不会还出现上面的情况，你把rebulid过程说一下
赞一下 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
3楼2012-04-13 09:48:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caijj09

木虫 (职业作家)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-13 10:36:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by zzy870720z at 2012-04-13 09:48:12:
不会吧，rebulid应该不会还出现上面的情况，你把rebulid过程说一下

按照以下路径进行操作

Build | Crystals | Rebuild Crystal。。。。
赞一下 回复此楼
自强不息
4楼2012-04-13 10:10:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
引用回帖:
4楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-13 10:10:22:
按照以下路径进行操作

Build | Crystals | Rebuild Crystal。。。。

那应该没有问题吧，我以前这么搞都可以回来的
赞一下 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
5楼2012-04-13 10:13:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zzy870720z at 2012-04-13 10:13:29:
那应该没有问题吧，我以前这么搞都可以回来的

难道是人品问题？  好吧，我再试试。
赞一下 回复此楼
自强不息
6楼2012-04-13 11:10:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你能说说参数的设置吗？
赞一下 回复此楼
That'sit! Justdoit!
7楼2012-04-13 12:17:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 安德 at 2012-04-13 12:17:38:
你能说说参数的设置吗？

input文件如下：


# Task parameters
Calculate                     optimize
Opt_energy_convergence        2.0000e-005
Opt_gradient_convergence      4.0000e-003 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-003 A
Opt_iterations                50
Opt_max_displacement          0.3000 A
Lattice_optimization          on
Simple_geometry_opt            
Symmetry                      on
Max_memory                    2048

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnd
Pseudopotential               none
Functional                    pwc
Harris                        off
Aux_density                   octupole
Integration_grid              medium
Occupation                    fermi
Cutoff_Global                 4.3000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-005
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_iterations                50
Scf_diis                      6 pulay

# Kpoint definition file (intervals/offset):
Kpoints                       file     2 4 2 0.0000 0.0000 0.0000
Sn3O_OH_2SO4.kpoints

# Calculated properties
赞一下 回复此楼
自强不息
8楼2012-04-13 14:15:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
caijj09: 金币+5, ★★★很有帮助, 这样的话，精确度会不会下降很多？ 2012-04-13 17:32:47
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-14 06:47:09
你把
Opt_iterations                50
Scf_iterations                50

这两个迭代步数加大点看看行不行
赞一下 回复此楼
That'sit! Justdoit!
9楼2012-04-13 16:24:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 安德 at 2012-04-13 16:24:46:
你把
Opt_iterations                50
Scf_iterations                50

这两个迭代步数加大点看看行不行

我试试先。
回复此楼
自强不息
10楼2012-04-13 17:33:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 caijj09 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大）做过分子实验 +9 相信必会光芒万� 2026-04-07 10/500 2026-04-13 10:20 by 可淡不可忘
[硕博家园] 有没有学校材料专业收跨调(一志愿085410) +8 momo(上岸版) 2026-04-06 11/550 2026-04-13 09:12 by asdsyh1111
[考研] 368化学求调剂 +14 wwwwabcde 2026-04-07 15/750 2026-04-13 08:36 by lhj2009
[考研] 279求调剂 +9 张番茄不炒蛋 2026-04-11 9/450 2026-04-12 22:22 by paopaotu326
[考研] 332求调剂 +14 蕉蕉123 2026-04-10 14/700 2026-04-12 00:27 by 蓝云思雨
[考研] 化工调剂求导师收留！一志愿失利，踏实肯干，有植物提取科研经历 +20 yzyzx 2026-04-09 21/1050 2026-04-12 00:12 by 小小小小啦啦啦
[考研] 调剂 +6 青灯不负 2026-04-09 6/300 2026-04-11 20:35 by dongdian1
[考研] 求调剂 +13 雪逢冬 2026-04-10 13/650 2026-04-11 09:58 by 猪会飞
[考研] 22408 327分求调剂 +4 韵风kon 2026-04-10 4/200 2026-04-11 09:51 by 猪会飞
[考研] 342电子信息专硕求调剂 +9 你让我怎么荔枝 2026-04-10 10/500 2026-04-11 08:33 by zhq0425
[考研] 本9 一志愿西工大085601 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-10 16:57 by luoyongfeng
[考研] 298求调剂 +13 钉叮咚冬瓜 2026-04-09 13/650 2026-04-10 15:49 by jiajinhpu
[考研] 一志愿华东师范生物学326分，求调剂 +8 刘墨墨 2026-04-09 8/400 2026-04-10 12:00 by pengliang8036
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 13/650 2026-04-10 10:27 by liuhuiying09
[考研] 一志愿武理车辆 281 求调剂 +5 上岸研究生. 2026-04-07 5/250 2026-04-09 15:56 by only周
[考研] 336求调剂，一志愿中科大 +9 墨彧 yuyu 2026-04-06 9/450 2026-04-08 11:24 by 想读书的菌菌
[考研] 307求调剂 +3 Youth@@ 2026-04-07 3/150 2026-04-07 22:00 by hemengdong
[考研] 一志愿西南090202求调剂 +4 在线求有学上 2026-04-07 4/200 2026-04-07 19:47 by biomichael
[考研] 生物学363调剂求助 +7 fanzhang6666 2026-04-06 9/450 2026-04-07 17:37 by lijunpoly
[考研] 一志愿西电085401求调剂 +4 sunw1306 2026-04-07 4/200 2026-04-07 16:40 by 啵啵啵0119
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭