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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS 用Dmol3时出现问题，求高手解答
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caijj09

木虫 (职业作家)

[求助] MS 用Dmol3时出现问题，求高手解答

再用MS 的Dmol3进行优化时，发现原子溢出，如图二所示（原始晶胞如图一所示），这是什么情况造成的？看了下outmol文件，发现有以下几个warning:

第一条：Warning: negative hessian eigenvalues    1 -0.00310819  1.38800247

第二条：Warning: center of gravity displacement      0.0000000      0.0000000      0.0000338


请问这个时候该怎么处理？

图一  原始晶胞



图二 优化后溢出的情况
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自强不息
1楼 2012-04-13 09:06:01
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zzy870720z

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-13 09:16:49
caijj09: 金币+5, ★★★很有帮助, 我重建了还是会这样，重复三次都是这种情况 2012-04-13 09:35:25
rebulid一下晶格应该就可以了吧，显示问题
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2012-04-13 09:09:25
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zzy870720z

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-13 10:16:48
caijj09: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢区长热心帮忙 2012-04-13 11:10:56
不会吧，rebulid应该不会还出现上面的情况，你把rebulid过程说一下
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
3楼2012-04-13 09:48:12
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caijj09

木虫 (职业作家)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-13 10:36:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by zzy870720z at 2012-04-13 09:48:12:
不会吧，rebulid应该不会还出现上面的情况，你把rebulid过程说一下

按照以下路径进行操作

Build | Crystals | Rebuild Crystal。。。。
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自强不息
4楼2012-04-13 10:10:22
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zzy870720z

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引用回帖:
4楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-13 10:10:22:
按照以下路径进行操作

Build | Crystals | Rebuild Crystal。。。。

那应该没有问题吧，我以前这么搞都可以回来的
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
5楼2012-04-13 10:13:29
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caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zzy870720z at 2012-04-13 10:13:29:
那应该没有问题吧，我以前这么搞都可以回来的

难道是人品问题？  好吧，我再试试。
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自强不息
6楼2012-04-13 11:10:03
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安德

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感谢参与，应助指数 +1
你能说说参数的设置吗？
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That'sit! Justdoit!
7楼2012-04-13 12:17:38
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caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 安德 at 2012-04-13 12:17:38:
你能说说参数的设置吗？

input文件如下：


# Task parameters
Calculate                     optimize
Opt_energy_convergence        2.0000e-005
Opt_gradient_convergence      4.0000e-003 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-003 A
Opt_iterations                50
Opt_max_displacement          0.3000 A
Lattice_optimization          on
Simple_geometry_opt            
Symmetry                      on
Max_memory                    2048

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnd
Pseudopotential               none
Functional                    pwc
Harris                        off
Aux_density                   octupole
Integration_grid              medium
Occupation                    fermi
Cutoff_Global                 4.3000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-005
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_iterations                50
Scf_diis                      6 pulay

# Kpoint definition file (intervals/offset):
Kpoints                       file     2 4 2 0.0000 0.0000 0.0000
Sn3O_OH_2SO4.kpoints

# Calculated properties
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自强不息
8楼2012-04-13 14:15:42
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安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
caijj09: 金币+5, ★★★很有帮助, 这样的话，精确度会不会下降很多？ 2012-04-13 17:32:47
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-14 06:47:09
你把
Opt_iterations                50
Scf_iterations                50

这两个迭代步数加大点看看行不行
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That'sit! Justdoit!
9楼2012-04-13 16:24:46
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caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 安德 at 2012-04-13 16:24:46:
你把
Opt_iterations                50
Scf_iterations                50

这两个迭代步数加大点看看行不行

我试试先。
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自强不息
10楼2012-04-13 17:33:01
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