应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS 用Dmol3时出现问题，求高手解答
111/2返回列表12下一页
查看: 1181  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

caijj09

木虫 (职业作家)

[求助] MS 用Dmol3时出现问题，求高手解答

再用MS 的Dmol3进行优化时，发现原子溢出，如图二所示（原始晶胞如图一所示），这是什么情况造成的？看了下outmol文件，发现有以下几个warning:

第一条：Warning: negative hessian eigenvalues    1 -0.00310819  1.38800247

第二条：Warning: center of gravity displacement      0.0000000      0.0000000      0.0000338


请问这个时候该怎么处理？

图一  原始晶胞



图二 优化后溢出的情况
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
自强不息
1楼 2012-04-13 09:06:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-13 09:16:49
caijj09: 金币+5, ★★★很有帮助, 我重建了还是会这样，重复三次都是这种情况 2012-04-13 09:35:25
rebulid一下晶格应该就可以了吧，显示问题
赞一下 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2012-04-13 09:09:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-13 10:16:48
caijj09: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢区长热心帮忙 2012-04-13 11:10:56
不会吧，rebulid应该不会还出现上面的情况，你把rebulid过程说一下
赞一下 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
3楼2012-04-13 09:48:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caijj09

木虫 (职业作家)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-13 10:36:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by zzy870720z at 2012-04-13 09:48:12:
不会吧，rebulid应该不会还出现上面的情况，你把rebulid过程说一下

按照以下路径进行操作

Build | Crystals | Rebuild Crystal。。。。
赞一下 回复此楼
自强不息
4楼2012-04-13 10:10:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
引用回帖:
4楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-13 10:10:22:
按照以下路径进行操作

Build | Crystals | Rebuild Crystal。。。。

那应该没有问题吧，我以前这么搞都可以回来的
赞一下 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
5楼2012-04-13 10:13:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zzy870720z at 2012-04-13 10:13:29:
那应该没有问题吧，我以前这么搞都可以回来的

难道是人品问题？  好吧，我再试试。
赞一下 回复此楼
自强不息
6楼2012-04-13 11:10:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你能说说参数的设置吗？
赞一下 回复此楼
That'sit! Justdoit!
7楼2012-04-13 12:17:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 安德 at 2012-04-13 12:17:38:
你能说说参数的设置吗？

input文件如下：


# Task parameters
Calculate                     optimize
Opt_energy_convergence        2.0000e-005
Opt_gradient_convergence      4.0000e-003 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-003 A
Opt_iterations                50
Opt_max_displacement          0.3000 A
Lattice_optimization          on
Simple_geometry_opt            
Symmetry                      on
Max_memory                    2048

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnd
Pseudopotential               none
Functional                    pwc
Harris                        off
Aux_density                   octupole
Integration_grid              medium
Occupation                    fermi
Cutoff_Global                 4.3000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-005
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_iterations                50
Scf_diis                      6 pulay

# Kpoint definition file (intervals/offset):
Kpoints                       file     2 4 2 0.0000 0.0000 0.0000
Sn3O_OH_2SO4.kpoints

# Calculated properties
赞一下 回复此楼
自强不息
8楼2012-04-13 14:15:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
caijj09: 金币+5, ★★★很有帮助, 这样的话，精确度会不会下降很多？ 2012-04-13 17:32:47
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-14 06:47:09
你把
Opt_iterations                50
Scf_iterations                50

这两个迭代步数加大点看看行不行
赞一下 回复此楼
That'sit! Justdoit!
9楼2012-04-13 16:24:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 安德 at 2012-04-13 16:24:46:
你把
Opt_iterations                50
Scf_iterations                50

这两个迭代步数加大点看看行不行

我试试先。
回复此楼
自强不息
10楼2012-04-13 17:33:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 caijj09 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大）做过分子实验 +9 相信必会光芒万� 2026-04-07 10/500 2026-04-13 10:20 by 可淡不可忘
[考研] 346分，工科0854求调剂，专硕 +6 moser233 2026-04-12 7/350 2026-04-12 22:11 by fqwang
[硕博家园] 新一代电子信息294求调剂 不挑学校 +7 Ytyt11 2026-04-09 8/400 2026-04-12 16:57 by ajpv风雷
[考研] 求调剂 +16 张番茄不炒蛋 2026-04-10 17/850 2026-04-12 13:58 by 熬夜成！
[考研] 308求调剂 +5 VvvvL 2026-04-10 5/250 2026-04-12 10:17 by babysonlkd
[考研] 293求调剂 +8 勇远库爱314 2026-04-06 8/400 2026-04-11 20:25 by 蓝云思雨
[考研] 调剂求助 +6 果然有我 2026-04-11 7/350 2026-04-11 16:22 by 明月此时有
[考研] 300分求调剂 （085501机械专硕，本科扬大） +8 xu@841019 2026-04-11 8/400 2026-04-11 10:46 by qingpingzhu
[考研] 087100初试311求调剂 +4 任雅琴 2026-04-09 4/200 2026-04-11 10:33 by zhq0425
[考研] 还有化工二轮调剂的学校吗 5+14 化工人999 2026-04-09 48/2400 2026-04-11 10:27 by 89436494
[考研] 288求调剂 +15 代fish 2026-04-09 16/800 2026-04-11 10:26 by wwj2530616
[考研] 275求调剂 +9 1624447980 2026-04-08 10/500 2026-04-11 10:20 by Delta2012
[考研] 282，求调剂 +12 jggshjkkm 2026-04-09 14/700 2026-04-11 09:39 by 猪会飞
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 一志愿西交机械专硕求调剂 +8 求上岸的小王 2026-04-10 8/400 2026-04-10 15:09 by hemengdong
[考研] 085800 能源动力求调剂 +6 阿biu啊啊啊啊啊 2026-04-10 6/300 2026-04-10 15:03 by hemengdong
[考研] 生物学求调剂 一志愿沪9，326分 +7 刘墨墨 2026-04-06 7/350 2026-04-10 08:11 by kangsm
[考研] 348求调剂 +3 candyyyi 2026-04-09 3/150 2026-04-09 17:20 by 段伟艳
[考研] 考研调剂 +13 冰冰，，， 2026-04-07 13/650 2026-04-09 17:01 by Lilly_Li
[考研] 材料工程322 +18 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 19/950 2026-04-09 10:44 by cymywx
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭