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lirui1029

新虫 (初入文坛)

[求助] vasp在集群上进行截断能测试时如何写输入文件

本人 vasp的新手。在集群上想对Al-fcc 进行一下截断能测试。我再网上搜了其他人的做法,在提交任务时提交了四个文件POSCAR,POTCAR.KPOINTS和run_e这四个文件。另外还有一个运行VASP的脚本文件。把run_e文件的权限也改了,但是运行一直会出现同样的错误,out.log文件如下:
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Job  /lsf1/8.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/openmpi_wrapper /share/home/sci_028/sourcecode/vasp.5.2/vasp

TID   HOST_NAME   COMMAND_LINE            STATUS            TERMINATION_TIME
===== ========== ================  =======================  ===================
00000 blade086   /share/home/sci_  Done                     04/09/2012 10:55:18
00001 blade086   /share/home/sci_  Done                     04/09/2012 10:55:18
00002 blade086   /share/home/sci_  Done                     04/09/2012 10:55:18
00003 blade086   /share/home/sci_  Done                     04/09/2012 10:55:18
00004 blade086   /share/home/sci_  Done                     04/09/2012 10:55:18
00005 blade086   /share/home/sci_  Done                     04/09/2012 10:55:18

不知道是怎么回事,恳请高手指教。谢谢了。下面是我的run_e文件。
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 250 300 350 400 450 500
do
cat > INCAR < SYSTEM = Al-fcc
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i ev" ; time vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'`
echo $i $E >> comment
done
我在提交时到底应该输入几个文件?
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gowoaini131

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lirui1029 at 2012-04-11 09:36:13
谢谢。我测试成功了。呵呵...

截断能测试需要哪几个文件啊?求指教

发自小木虫Android客户端
4楼2016-01-10 23:55:06
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likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
WDD880227: 金币+1, 多谢您的耐心帮助~~ 2012-04-10 08:36:46
你不要运行vasp这个脚本是生成不同的INCAR,也就是说你的run_e这个脚本中集成了vasp的命令。你的run_e应该是绿色的就是run_e.sh这种。你运行的时候直接输入./run_e,如果这样不行,你把他更名为run_e.sh,之后运行sh run_e.sh,还有在time vasp这行一定要改成你集群的路径,要不是识别不出vasp的。
2楼2012-04-10 07:54:53
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lirui1029

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2012-04-10 07:54:53:
你不要运行vasp这个脚本是生成不同的INCAR,也就是说你的run_e这个脚本中集成了vasp的命令。你的run_e应该是绿色的就是run_e.sh这种。你运行的时候直接输入./run_e,如果这样不行,你把他更名为run_e.sh,之后运行 ...

谢谢。我测试成功了。呵呵
3楼2012-04-11 09:36:13
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