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古木天恕

木虫 (正式写手)

[求助] 进化树N-J法模型选择

求助!大家进化树都用的什么模型?做出来的差别大吗?
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molecula

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
古木天恕: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-04-09 14:01:44
一般来说 进化树都是用NJ模型
做出来的差别大不大不跟模型相关,跟你在GenBank筛选用来做进化树的基因序列的亲缘性远近有关。
这个东西一句两句说不清楚,给你举个例子吧:
A跟B是亲戚,直系;
A跟C是旁亲,A跟D是路人,A是黄种人,E是白人,F是黑人。
好了,选取这几个标本用来做进化树,做出来梯度是非常分明的,一般没什么问题,可信度也不错。
如果你选择的是A跟M是直系,A跟N是直系,A跟O是直系,A跟P是直系。
这几个做,做出来非常难看。生物信息学的东西,你去看看,有用。
加我好友吧,我分享给你一个生物信息学进化树制作专题。
这个是我的老师做的课件PPT,你不要外传。
2楼2012-04-08 23:59:48
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molecula

铁杆木虫 (著名写手)

3楼2012-04-09 00:00:34
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molecula

铁杆木虫 (著名写手)

怎么没办法上传课件?
4楼2012-04-09 00:00:55
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木子雪

新虫 (初入文坛)

楼主可以给那个PPt给我吗?我是菜鸟,老师要我做进化树,但我根本就不知道从何下手
5楼2013-01-19 23:25:49
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ahau11720397

新虫 (初入文坛)

知识改变命运
6楼2013-04-26 14:30:36
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meigaofu

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

7楼2015-10-30 23:05:12
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dangtongzhou

金虫 (小有名气)

8楼2015-11-02 15:09:01
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futuregarden

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by molecula at 2012-04-08 23:59:48
一般来说 进化树都是用NJ模型
做出来的差别大不大不跟模型相关,跟你在GenBank筛选用来做进化树的基因序列的亲缘性远近有关。
这个东西一句两句说不清楚,给你举个例子吧:
A跟B是亲戚,直系;
A跟C是旁亲,A跟 ...

求PPT,谢谢!futuregarden@163.com
9楼2015-11-02 21:33:54
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大头小蠢

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by molecula at 2012-04-08 23:59:48
一般来说 进化树都是用NJ模型
做出来的差别大不大不跟模型相关,跟你在GenBank筛选用来做进化树的基因序列的亲缘性远近有关。
这个东西一句两句说不清楚,给你举个例子吧:
A跟B是亲戚,直系;
A跟C是旁亲,A跟 ...

楼主,求课件啊,我是菜鸟
10楼2015-12-13 00:31:43
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