24小时热门版块排行榜    

查看: 969  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 输入小分子的不同pose跑动力学,得到不同的平衡构象,请问正常吗

我先通过GOLD对接得到了同一个小分子与酶的两种可能pose,然后poseA,poseB分别跑动力学,期望通过MD得到一个确定的结果。但是在平衡的时候,两种pose都平衡了,并且小分子的pose与跑之前都没有太大的变化(有小的扭转)
这种情况正常吗?我应该怎么确定是哪种结合方式呢?
谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-01 17:15:04
本帖内容被屏蔽

5楼2012-04-01 16:17:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

zaoyuanlim

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-01 11:53:55
cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 我怎么检查参数是否合理的? 谢谢 2012-04-01 12:51:57
本帖内容被屏蔽

2楼2012-04-01 11:25:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zaoyuanlim at 2012-04-01 11:25:58:
正常的。其实实际本身就有可能存在这些情况。

当然也不排除有参数设置错误的可能。

我怎么检查参数是否合理的? 因为没有文献做这个酶,所以没能参考
平衡时候RMSD大概在±0.1.5波动应该算平了吧?
谢谢
3楼2012-04-01 12:51:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zaoyuanlim at 2012-04-01 11:25:58:
正常的。其实实际本身就有可能存在这些情况。

当然也不排除有参数设置错误的可能。

RMSD ±0.15,刚刚笔误
我的参数基本上是按AMBER网站的MMPBSA教程设置的,只有步长,时间,和限制残基改了,其他都是一样的
4楼2012-04-01 12:55:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:51 by jCd0dEvKHShX
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:50 by jCd0dEvKHShX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 11:18 by jCd0dEvKHShX
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 11:17 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +4 gdd2018 2026-08-28 9/450 2026-08-28 14:22 by jklily
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见