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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 输入小分子的不同pose跑动力学,得到不同的平衡构象,请问正常吗

我先通过GOLD对接得到了同一个小分子与酶的两种可能pose,然后poseA,poseB分别跑动力学,期望通过MD得到一个确定的结果。但是在平衡的时候,两种pose都平衡了,并且小分子的pose与跑之前都没有太大的变化(有小的扭转)
这种情况正常吗?我应该怎么确定是哪种结合方式呢?
谢谢
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zaoyuanlim

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-01 11:53:55
cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 我怎么检查参数是否合理的? 谢谢 2012-04-01 12:51:57
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2楼2012-04-01 11:25:58
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zaoyuanlim at 2012-04-01 11:25:58:
正常的。其实实际本身就有可能存在这些情况。

当然也不排除有参数设置错误的可能。

我怎么检查参数是否合理的? 因为没有文献做这个酶,所以没能参考
平衡时候RMSD大概在±0.1.5波动应该算平了吧?
谢谢
3楼2012-04-01 12:51:37
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zaoyuanlim at 2012-04-01 11:25:58:
正常的。其实实际本身就有可能存在这些情况。

当然也不排除有参数设置错误的可能。

RMSD ±0.15,刚刚笔误
我的参数基本上是按AMBER网站的MMPBSA教程设置的,只有步长,时间,和限制残基改了,其他都是一样的
4楼2012-04-01 12:55:04
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ferlich

禁虫 (小有名气)


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-01 17:15:04
本帖内容被屏蔽

5楼2012-04-01 16:17:31
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