24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 834  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 输入小分子的不同pose跑动力学,得到不同的平衡构象,请问正常吗

我先通过GOLD对接得到了同一个小分子与酶的两种可能pose,然后poseA,poseB分别跑动力学,期望通过MD得到一个确定的结果。但是在平衡的时候,两种pose都平衡了,并且小分子的pose与跑之前都没有太大的变化(有小的扭转)
这种情况正常吗?我应该怎么确定是哪种结合方式呢?
谢谢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zaoyuanlim at 2012-04-01 11:25:58:
正常的。其实实际本身就有可能存在这些情况。

当然也不排除有参数设置错误的可能。

RMSD ±0.15,刚刚笔误
我的参数基本上是按AMBER网站的MMPBSA教程设置的,只有步长,时间,和限制残基改了,其他都是一样的
4楼2012-04-01 12:55:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

zaoyuanlim

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-01 11:53:55
cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 我怎么检查参数是否合理的? 谢谢 2012-04-01 12:51:57
本帖内容被屏蔽

2楼2012-04-01 11:25:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zaoyuanlim at 2012-04-01 11:25:58:
正常的。其实实际本身就有可能存在这些情况。

当然也不排除有参数设置错误的可能。

我怎么检查参数是否合理的? 因为没有文献做这个酶,所以没能参考
平衡时候RMSD大概在±0.1.5波动应该算平了吧?
谢谢
3楼2012-04-01 12:51:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-01 17:15:04
本帖内容被屏蔽

5楼2012-04-01 16:17:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854求调剂 +17 门路摸摸 2026-04-15 19/950 2026-04-16 10:24 by dick_runner
[考研] 恳请有学校收留 +6 柯淮然 2026-04-12 6/300 2026-04-16 07:23 by 学员JpLReM
[考研] 求调剂推荐 +8 小聂爱学习 2026-04-14 8/400 2026-04-16 07:22 by 学员JpLReM
[考研] 289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校) +4 白云123456789 2026-04-13 4/200 2026-04-16 00:18 by 粉沁若尘
[考研] 211本科材料化工求调剂 +19 YHLAH 2026-04-11 23/1150 2026-04-14 22:25 by fenglj492
[考研] 272分材料子求调剂 +41 Loy0361 2026-04-10 54/2700 2026-04-14 18:00 by lhj2009
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +6 王ymaa 2026-04-13 13/650 2026-04-14 11:33 by 王ymaa
[考研] 245求调剂 +6 冰糖橘?汽水 2026-04-13 10/500 2026-04-14 10:49 by jyl0317
[考研] 材料085601调剂 +32 何润采123 2026-04-10 34/1700 2026-04-14 08:47 by 木木mumu~
[考研] 考研英一数一338分 +9 长江大学东校区 2026-04-13 10/500 2026-04-14 00:41 by 王珺璞
[考研] 材料复试求调剂 +24 xhhdjdjsjks 2026-04-09 24/1200 2026-04-13 15:49 by 幸免 ..
[考研] +10 李多米lee. 2026-04-12 11/550 2026-04-12 22:58 by yuyin1233
[考研] 283求调剂 086004考英二数二 +17 那个噜子 2026-04-10 18/900 2026-04-11 16:27 by 明月此时有
[考研] 0859,337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 085600材料与化工329分求调剂 +16 叶zilin 2026-04-10 16/800 2026-04-11 11:04 by may_新宇
[考研] 346,工科0854求调剂,专硕 +7 moser233 2026-04-10 8/400 2026-04-11 08:52 by 猪会飞
[考研] 342电子信息专硕求调剂 +9 你让我怎么荔枝 2026-04-10 10/500 2026-04-11 08:33 by zhq0425
[考研] 中科院总分315求调剂 +8 lallalh 2026-04-09 8/400 2026-04-10 19:30 by dick_runner
[考研] 301求调剂 +5 149. 2026-04-10 5/250 2026-04-10 15:45 by 柴小白
[考研] 344求调剂 +7 丶风雪夜归人丶 2026-04-09 7/350 2026-04-10 12:05 by pengliang8036
信息提示
请填处理意见