| 查看: 2445 | 回复: 9 | ||||||||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | ||||||||
[交流]
引物设计
|
||||||||
|
上游1（含信号肽） 5’—3’ TTGATCATGATTACACGTC 上游2（不含信号肽） 5’—3’ 下游 5’—3’ GATCATTGCAGGATCACTAA 引物设计的怎么样啊，用oligo，primer5分析里面数据太多，看不懂~~ oligo PCR分析（图1），得到的数据，觉得数据怪怪的，上下游引物退火温度差不多就好了，干嘛还有个product Tm呢，总结论也看不懂 上游引物二聚体分析：图2 下游引物二聚体分析：图3 上游错配分析：图4 看不懂，纠结~~还请各位赐教 引物分析时要不要把限制性酶碱基，保护碱基包括在内呀~  图一（PCR分析）  图2 上游引物二聚体分析  图3 下游引物二聚体分析  图4 上游引物错配率分析 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子生物学资料 | 分子生物 | 【分子生物】EPI帖 | 分子生物实验相关 |
| 分子生物 |
» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有177人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
-
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
西南科大辐射防护材料课题组接收材料与化学背景硕士研究生
+3/107
-
九江学院制药工程专业硕士拟接收调剂
+1/92
-
宜春学院 药学研究生调剂52人
+1/53
-
2026中山大学孙逸仙纪念医院刘兆宇课题组招收调剂硕士研究生
+1/43
-
烟台大学环境与材料工程学院新能源材料课题组招硕士研究生
+1/41
-
招收2026级环境科学方向（专业代码083001）硕士研究生1-2名
+1/37
-
欢迎化学、化工、材料、环境、药学、纳米、能源等专业综合表现优秀的同学加入！-上海
+1/36
-
上海中医药大学创新中药研究院 招收审核制博士生一名
+1/17
-
招聘︱国家纳米科学中心丁宝全杰青团队诚聘博士后（特别研究助理）
+2/16
-
博士招生 | 青岛科技大学（高分子、化学、材料、力学、航天、机电工程、计算机仿真）
+1/13
-
西安工程大学能源化工新材料研发项目组接收2026年计算机类调剂研究生
+1/12
-
天津科技大学-生物质资源利用与制浆技术团队2026年硕士招生
+1/12
-
08工学英一数二290 三个奖学金两个省三 一个省创优秀结项 B区求调剂
+1/10
-
食品调剂-总分291-有中核论文导师一作、本人二作-一志愿南昌大学学硕-介绍详细
+1/8
-
齐齐哈尔大学化学与化学工程学院招收专硕调剂
+1/7
-
大连理工大学气体监测与环境催化团队诚聘副教授、助理教授及博士后3-4名
+1/6
-
南京林业大学化学工程学院柏惺峰课题组招收硕士研究生1名
+1/6
-
苏州高校招收08方向调剂
+1/2
-
中国人民大学物理学系蔡鹏课题组招收优秀硕士博士研究生
+1/1
-
2026年北京石油化工学院环境学科-水污染控制工程方向课题组欢迎您
+1/1
2楼2012-03-26 17:25:23
★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 只能说，非常感谢对本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 只能说，非常感谢对本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
|
嗯.............要不这么来说说吧 1. 首先不明白你上游引物写了两个，为什么分析中只有一个，观察你的序列和引物位置，那么就假设你P的是某基因的CDS全长 2. 从PCR分析来看，两引物Tm值相差不大，但较不稳定引物与产物Tm值相差达到32.7度，这个比较致命，因为产物与引物Tm相差过高，会引起模板-模板间和模板-引物间的退火竞争效应，Oligo软件设计官方给出的最大差值是不要超过29度，也有人提出不要超过20度。所以要不增大你引物长度，适当增加引物Tm值，要不依旧使用此引物但采用高退火温度去P。 3. 以假定你是需要扩CDS来讲，那么上下游的Dimer实际并不用考虑过多，只要3‘Dimer不是很严重就可以了，文中观察你的Dimer中碱基配对数量和自由能观察，你这个引物基本木有问题。 4. 关于错配，Primer Premier5中是有错配是否能生成产物的结论，如果没有，怎么错配了我们都不管，或是错配产物远远小于P产物，那么我们也是不管，而Oligo好像是看上头Primering efficiency的，上游引物第一个与正义链的错配分数较高，但感觉也不会出现问题。 5. 再说明一下，需要另加的酶切位点和保护碱基是不算在引物分析之内的。 6. 以你就是要P某基因的CDS为例，反正正反开始都限定了，你就选个合适的引物长度去P就是了，注意长度要尽量长一点，保证高退火下的特异性就可以了。 纯属个人经验，不足之处或说错之处希望高手出现并指正，祝实验成功  |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
happywyh3楼2012-03-26 22:33:37
4楼2012-03-27 08:48:26
5楼2012-03-27 10:35:13
6楼2012-03-27 12:50:15
★
happywyh(金币+1): 谢谢参与
happywyh(金币+1): 谢谢参与
| 建议楼主同时做下primer-blast，看能不能扩出来自己想要的片段，网址为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool ... ?LINK_LOC=BlastHome 我刚刚帮你blast了一下，发现什么产物也没有 |
7楼2012-03-27 13:18:08
8楼2012-03-27 21:17:50
9楼2012-03-27 22:33:35
10楼2012-03-28 15:30:16
