| 查看: 2804 | 回复: 9 | ||||||||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | ||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||||
[交流]
引物设计
|
||||||||
|
上游1（含信号肽） 5’—3’ TTGATCATGATTACACGTC 上游2（不含信号肽） 5’—3’ 下游 5’—3’ GATCATTGCAGGATCACTAA 引物设计的怎么样啊，用oligo，primer5分析里面数据太多，看不懂~~ oligo PCR分析（图1），得到的数据，觉得数据怪怪的，上下游引物退火温度差不多就好了，干嘛还有个product Tm呢，总结论也看不懂 上游引物二聚体分析：图2 下游引物二聚体分析：图3 上游错配分析：图4 看不懂，纠结~~还请各位赐教 引物分析时要不要把限制性酶碱基，保护碱基包括在内呀~  图一（PCR分析）  图2 上游引物二聚体分析  图3 下游引物二聚体分析  图4 上游引物错配率分析 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子生物学资料 | 分子生物 | 【分子生物】EPI帖 | 分子生物实验相关 |
| 分子生物 |
» 猜你喜欢
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有19人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有97人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
-
ALK5 高选择性小分子 LY-3200882：可放大合成路线与质控要点解析
已经有0人回复
-
AM630（CAS 164178-33-0）：CB2 选择性配体的实验使用与供应要点
已经有0人回复
-
ADC标杆分子T-DM1全解析：从结构设计到实验室应用的技术要点
已经有0人回复
-
HILIC磁珠研究蛋白组学怎么做？
已经有0人回复
-
His标签蛋白纯化怎么才能快？
已经有0人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
西南交通大学医学院2027年接收推荐免试攻读研究生（含直博生）
+2/444
-
西南交通大学医学院2027年接收推荐免试攻读研究生（含直博生）
+2/252
-
西南交通大学医学院2027年接收推荐免试攻读研究生（含直博生）
+2/250
-
招聘智能传感器与电路设计方向副研究员
+1/93
-
招聘智能传感器与电路设计方向副研究员
+1/92
-
福州大学生物医学工程课题组诚招博士生
+1/89
-
同济大学环境学院肖倩课题组招收博士研究生（资格审核制）
+1/50
-
同济大学环境学院肖倩课题组招收博士研究生（资格审核制）
+1/46
-
【推免】深大化学与环境工程学院 接收 2027 级推荐免试研究生（分析化学方向）
+1/45
-
浙江理工大学余德游课题组招收常年博士后、博士生和科研助理
+1/43
-
山东征女友，坐标济南
+1/40
-
深圳大学应用技术学院招聘凝聚态物理博士后
+1/19
-
【大湾区大学—中山大学联合培养博士研究生招生】气体传感方向
+1/19
-
招收2027年-申请考核博士生-仿生材料/生物能源方向
+1/14
-
【BM特刊征稿】生物功能凝胶（2026免APC，Scopus收录）
+1/10
-
【生物功能材料英文期刊】Scopus收录，免APC的宝藏期刊
+1/5
-
哈尔滨工业大学博士申请考核制9月29日截止
+1/3
-
北京理工大学团簇研究团队招聘博士后 （化学+材料）
+1/3
-
招聘材料计算，分子动力学模拟相关讲师
+1/3
-
神经肽 SP 通过肠道菌群及代谢物肌醇改善结肠炎及其伴随焦虑样行为
+1/2
★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 只能说，非常感谢对本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 只能说，非常感谢对本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
|
嗯.............要不这么来说说吧 1. 首先不明白你上游引物写了两个，为什么分析中只有一个，观察你的序列和引物位置，那么就假设你P的是某基因的CDS全长 2. 从PCR分析来看，两引物Tm值相差不大，但较不稳定引物与产物Tm值相差达到32.7度，这个比较致命，因为产物与引物Tm相差过高，会引起模板-模板间和模板-引物间的退火竞争效应，Oligo软件设计官方给出的最大差值是不要超过29度，也有人提出不要超过20度。所以要不增大你引物长度，适当增加引物Tm值，要不依旧使用此引物但采用高退火温度去P。 3. 以假定你是需要扩CDS来讲，那么上下游的Dimer实际并不用考虑过多，只要3‘Dimer不是很严重就可以了，文中观察你的Dimer中碱基配对数量和自由能观察，你这个引物基本木有问题。 4. 关于错配，Primer Premier5中是有错配是否能生成产物的结论，如果没有，怎么错配了我们都不管，或是错配产物远远小于P产物，那么我们也是不管，而Oligo好像是看上头Primering efficiency的，上游引物第一个与正义链的错配分数较高，但感觉也不会出现问题。 5. 再说明一下，需要另加的酶切位点和保护碱基是不算在引物分析之内的。 6. 以你就是要P某基因的CDS为例，反正正反开始都限定了，你就选个合适的引物长度去P就是了，注意长度要尽量长一点，保证高退火下的特异性就可以了。 纯属个人经验，不足之处或说错之处希望高手出现并指正，祝实验成功  |
happywyh3楼2012-03-26 22:33:37
2楼2012-03-26 17:25:23
5楼2012-03-27 10:35:13
6楼2012-03-27 12:50:15