| 查看: 2442 | 回复: 9 | ||||||||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | ||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||||
[交流]
引物设计
|
||||||||
|
上游1（含信号肽） 5’—3’ TTGATCATGATTACACGTC 上游2（不含信号肽） 5’—3’ 下游 5’—3’ GATCATTGCAGGATCACTAA 引物设计的怎么样啊，用oligo，primer5分析里面数据太多，看不懂~~ oligo PCR分析（图1），得到的数据，觉得数据怪怪的，上下游引物退火温度差不多就好了，干嘛还有个product Tm呢，总结论也看不懂 上游引物二聚体分析：图2 下游引物二聚体分析：图3 上游错配分析：图4 看不懂，纠结~~还请各位赐教 引物分析时要不要把限制性酶碱基，保护碱基包括在内呀~  图一（PCR分析）  图2 上游引物二聚体分析  图3 下游引物二聚体分析  图4 上游引物错配率分析 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子生物学资料 | 分子生物 | 【分子生物】EPI帖 | 分子生物实验相关 |
| 分子生物 |
» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有267人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
-
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
【招聘】温州医科大学/附属医院/瓯江实验室李校堃院士团队诚聘博士后和科研人员
+1/188
-
中国石油大学（华东）化学化工学院学硕、专硕接收缺额调剂
+1/50
-
中山大学地理科学与规划学院退化土壤环境修复课题组招聘博士后及科研助理
+1/45
-
长江师范学院 材料与化工专业 招收调剂学生
+1/40
-
沈阳农业大学生物与医药专硕招收调剂生！！！！！！！！！！
+1/37
-
中国石油大学（北京）国家级大人才团队博士招生1名：化学、材料、石油工程：油田化学
+1/37
-
上海大学 “生物有机电子材料及器件”团队硕士、博士研究生招聘
+1/28
-
三峡大学材化学院李东升校长团队接收化学类硕士调剂
+1/21
-
西安工程大学环境与化学工程学院能源环境催化与先进材料课题组招生
+1/9
-
【博士招生】武汉科技大学招收材料、化工、环境、冶金类2026年“申请-考核”制博士生
+1/8
-
苏州初创公司诚聘化学过程工艺与硬件系统工程师
+1/8
-
2026年中国科学院城市环境所与福建农林大学联合培养硕士研究生项目介绍
+1/8
-
上海交通大学陈倩栎课题组招收2026年申请-考核博士生1名（能源材料方向）
+1/5
-
哈尔滨医科大学李老师课题组招收生物信息学方向博士、硕士研究生
+1/5
-
浙江大学国际健康医学研究院招聘科研助理
+1/4
-
杭州电子科技大学 磁电功能材料创新团队 招收硕士调剂生
+1/3
-
2026南京林业大学双一流建设高校——化学工程学院招收化学/材料相关专业硕士生
+1/2
-
一志愿西南交大机械专硕343求调剂
+1/1
-
上海师范大学有机化学专业研究生招生
+1/1
-
博士招生 | 青岛科技大学（高分子、化学、材料、力学、航天、机电工程、计算机仿真）
+1/1
送鲜花一朵 
10楼2012-03-28 15:30:16
2楼2012-03-26 17:25:23
★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 只能说，非常感谢对本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 只能说，非常感谢对本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
|
嗯.............要不这么来说说吧 1. 首先不明白你上游引物写了两个，为什么分析中只有一个，观察你的序列和引物位置，那么就假设你P的是某基因的CDS全长 2. 从PCR分析来看，两引物Tm值相差不大，但较不稳定引物与产物Tm值相差达到32.7度，这个比较致命，因为产物与引物Tm相差过高，会引起模板-模板间和模板-引物间的退火竞争效应，Oligo软件设计官方给出的最大差值是不要超过29度，也有人提出不要超过20度。所以要不增大你引物长度，适当增加引物Tm值，要不依旧使用此引物但采用高退火温度去P。 3. 以假定你是需要扩CDS来讲，那么上下游的Dimer实际并不用考虑过多，只要3‘Dimer不是很严重就可以了，文中观察你的Dimer中碱基配对数量和自由能观察，你这个引物基本木有问题。 4. 关于错配，Primer Premier5中是有错配是否能生成产物的结论，如果没有，怎么错配了我们都不管，或是错配产物远远小于P产物，那么我们也是不管，而Oligo好像是看上头Primering efficiency的，上游引物第一个与正义链的错配分数较高，但感觉也不会出现问题。 5. 再说明一下，需要另加的酶切位点和保护碱基是不算在引物分析之内的。 6. 以你就是要P某基因的CDS为例，反正正反开始都限定了，你就选个合适的引物长度去P就是了，注意长度要尽量长一点，保证高退火下的特异性就可以了。 纯属个人经验，不足之处或说错之处希望高手出现并指正，祝实验成功  |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
3楼2012-03-26 22:33:37
5楼2012-03-27 10:35:13
