24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 2600  |  回复: 13

江xiao鱼

铁虫 (小有名气)

[求助] MS 动力学计算 步数设置

请教大家:动力学计算时,是不是设置的步数越多结果越准确呢?一般设置多少比较合适?
回复此楼
Persistence is the victory!!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-24 09:16:44
1000到2000ps就差不多了
有问题可以私下里探讨,1986319688@qq.com
2楼2012-03-23 09:59:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beanundersky

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-23 09:59:44:
1000到2000ps就差不多了

需要这么长吗?见到过几百ps的~
化朽为奇,工石为玉
3楼2012-03-23 10:09:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


zzy870720z: 金币+1, 鼓励交流 2012-03-23 12:40:31
引用回帖:
3楼: Originally posted by beanundersky at 2012-03-23 10:09:40:
需要这么长吗?见到过几百ps的~

看你跑什么东西了,因为要计算分析的东西一般要多次取平均的,还有后100ps不稳定的是要去掉不能用的
有问题可以私下里探讨,1986319688@qq.com
4楼2012-03-23 11:14:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-23 23:24:42
550残基,已经跑了5ns,还在跑··· 一般至少2ns以上吧
5楼2012-03-23 14:52:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

江xiao鱼

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-23 11:14:43:
看你跑什么东西了,因为要计算分析的东西一般要多次取平均的,还有后100ps不稳定的是要去掉不能用的

我做的是水溶液体系,开始设置的跑100ps,分析结果很正常。然后增大体系,再跑100ps的时候再分析,就出现“溢出”的情况。请问,这个“溢出”是步数少造成的吗?
Persistence is the victory!!
6楼2012-03-24 09:05:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-24 22:39:31
引用回帖:
6楼: Originally posted by 江xiao鱼 at 2012-03-24 09:05:41:
我做的是水溶液体系,开始设置的跑100ps,分析结果很正常。然后增大体系,再跑100ps的时候再分析,就出现“溢出”的情况。请问,这个“溢出”是步数少造成的吗?

溢出可能是内存不够用造成的,应该不是步数少的问题吧
壁立万仞,无欲则刚
7楼2012-03-24 12:42:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 江xiao鱼 at 2012-03-24 09:05:41:
我做的是水溶液体系,开始设置的跑100ps,分析结果很正常。然后增大体系,再跑100ps的时候再分析,就出现“溢出”的情况。请问,这个“溢出”是步数少造成的吗?

应该看能量是不是达到平衡啊,至于你说的这种情况没有碰到过,不好意思,解决不了啊
有问题可以私下里探讨,1986319688@qq.com
8楼2012-03-24 19:14:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

q1036210267

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-25 16:10:04
增大体系,体系粒子数目是多少啊,不会超过了 程序默认 体系的最大粒子数目!
生活中坚持快乐的原则不改变,学习工作中踏实上进!`~`
9楼2012-03-25 12:56:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

江xiao鱼

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by chaizhm at 2012-03-24 12:42:58:
溢出可能是内存不够用造成的,应该不是步数少的问题吧

内存应该够,16G,还有一个现象就是,跑完动力学,我把该工程关掉再重新打开分析,就没有“溢出”的提示了。。这是怎么回事啊?
Persistence is the victory!!
10楼2012-03-26 10:59:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 江xiao鱼 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +6 喽哈加油 2026-04-13 6/300 2026-04-14 16:40 by zhouxiaoyu
[考研] 366求调剂 +11 不知名的小卅 2026-04-11 11/550 2026-04-14 15:50 by zs92450
[考研] 290求调剂 +21 luoziheng 2026-04-10 23/1150 2026-04-14 15:49 by zs92450
[基金申请] RY:中国产出的科学垃圾论文,绝对数量和比例都世界第一 +6 zju2000 2026-04-14 17/850 2026-04-14 14:34 by jurkat.1640
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +6 王ymaa 2026-04-13 13/650 2026-04-14 11:33 by 王ymaa
[考研] 生物学调剂,一志愿西南大学348,Top期刊一区二作、二区三作,三等奖学金三次 +5 candyyyi 2026-04-09 5/250 2026-04-13 09:02 by 可淡不可忘
[考研] 一志愿浙大生物325分求调剂 +9 zysheng 2026-04-12 9/450 2026-04-12 22:31 by yuyin1233
[考研] 22408 352分求调剂 +5 努力的夏末 2026-04-09 5/250 2026-04-12 19:17 by wj165256
[考研] 296求调剂 +14 汪!?! 2026-04-10 16/800 2026-04-12 10:48 by zhouyuwinner
[考研] 331求调剂 +5 王国帅 2026-04-11 5/250 2026-04-11 22:56 by 溪涧流水
[考研] 085402通信工程调剂,有4项学科竞赛国奖(电赛国二),硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 284求调剂 +12 archer.. 2026-04-10 13/650 2026-04-11 08:44 by zhq0425
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[考研] 289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校) +6 白云123456789 2026-04-09 8/400 2026-04-10 21:13 by zhouxiaoyu
[考研] 282,电气工程专业,求调剂,不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
[考研] 青岛科技大学材料学院,环境学院调剂补录4月10日以前都可以 +3 1青科大。 2026-04-09 5/250 2026-04-10 09:58 by 翩翩一书生
[考研] 复试调剂,一志愿郑州大学材料与化工289分 +31 硕星赴 2026-04-08 31/1550 2026-04-09 16:54 by Delta2012
[考研] 334求调剂 +16 Riot2025 2026-04-08 17/850 2026-04-09 09:28 by wdyheheeh
[考研] 二次调剂求老师收留 +3 笑笑袁 2026-04-08 3/150 2026-04-08 23:50 by 醉在风里
[考研] 296求调剂 +3 汪!?! 2026-04-08 3/150 2026-04-08 22:00 by zhouyuwinner
信息提示
请填处理意见