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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS 动力学计算 步数设置
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江xiao鱼

铁虫 (小有名气)

[求助] MS 动力学计算 步数设置

请教大家：动力学计算时，是不是设置的步数越多结果越准确呢？一般设置多少比较合适？
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Persistence is the victory！！
1楼 2012-03-23 09:54:51
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青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-24 09:16:44
1000到2000ps就差不多了
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
2楼2012-03-23 09:59:44
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beanundersky

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-23 09:59:44:
1000到2000ps就差不多了

需要这么长吗？见到过几百ps的~
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化朽为奇，工石为玉
3楼2012-03-23 10:09:40
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青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z: 金币+1, 鼓励交流 2012-03-23 12:40:31
引用回帖:
3楼: Originally posted by beanundersky at 2012-03-23 10:09:40:
需要这么长吗？见到过几百ps的~

看你跑什么东西了，因为要计算分析的东西一般要多次取平均的，还有后100ps不稳定的是要去掉不能用的
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
4楼2012-03-23 11:14:43
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-23 23:24:42
550残基，已经跑了5ns，还在跑··· 一般至少2ns以上吧
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5楼2012-03-23 14:52:37
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江xiao鱼

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-23 11:14:43:
看你跑什么东西了，因为要计算分析的东西一般要多次取平均的，还有后100ps不稳定的是要去掉不能用的

我做的是水溶液体系，开始设置的跑100ps,分析结果很正常。然后增大体系，再跑100ps的时候再分析，就出现“溢出”的情况。请问，这个“溢出”是步数少造成的吗？
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Persistence is the victory！！
6楼2012-03-24 09:05:41
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-24 22:39:31
引用回帖:
6楼: Originally posted by 江xiao鱼 at 2012-03-24 09:05:41:
我做的是水溶液体系，开始设置的跑100ps,分析结果很正常。然后增大体系，再跑100ps的时候再分析，就出现“溢出”的情况。请问，这个“溢出”是步数少造成的吗？

溢出可能是内存不够用造成的，应该不是步数少的问题吧
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壁立万仞，无欲则刚
7楼2012-03-24 12:42:58
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青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 江xiao鱼 at 2012-03-24 09:05:41:
我做的是水溶液体系，开始设置的跑100ps,分析结果很正常。然后增大体系，再跑100ps的时候再分析，就出现“溢出”的情况。请问，这个“溢出”是步数少造成的吗？

应该看能量是不是达到平衡啊，至于你说的这种情况没有碰到过，不好意思，解决不了啊
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
8楼2012-03-24 19:14:40
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q1036210267

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-25 16:10:04
增大体系，体系粒子数目是多少啊，不会超过了 程序默认 体系的最大粒子数目！
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生活中坚持快乐的原则不改变，学习工作中踏实上进！`~`
9楼2012-03-25 12:56:24
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江xiao鱼

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chaizhm at 2012-03-24 12:42:58:
溢出可能是内存不够用造成的，应该不是步数少的问题吧

内存应该够，16G,还有一个现象就是，跑完动力学，我把该工程关掉再重新打开分析，就没有“溢出”的提示了。。这是怎么回事啊？
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Persistence is the victory！！
10楼2012-03-26 10:59:25
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