| 查看: 3583 | 回复: 10 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
苹果变菠萝金虫 (小有名气)
|
[求助]
求助：蛋白质对接 分子动力学
|
|
|
一直是用sybyl做对接，但要做蛋白质和九肽的对接，如果用sybyl对接的话，九肽要保存为mol2格式，这样做amber准备复合物的时候就比较麻烦，蛋白质-九肽的对接用刚性对接应该更好解释吧，所以就用了DS 的ZDOCK。接着做动力学模拟，现在做了两个体系，一个体系在不到2ns时，多肽就和蛋白质分开了。另外一个体系现在快跑到5ns了，提出来复合物一看，多肽也变形了。 像这种情况是ZDOCK对接问题还是amber问题？ |
回复此楼» 猜你喜欢
085600材料与化工调剂 324分
已经有5人回复
-
344求调剂
已经有6人回复
-
266求调剂
已经有9人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有18人回复
-
314求调剂
已经有8人回复
-
08工科 320总分 求调剂
已经有5人回复
-
085601专硕，总分342求调剂，地区不限
已经有5人回复
-
311求调剂
已经有6人回复
-
化工学硕306求调剂
已经有10人回复
-
286求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助各位，关于初学分子模拟
已经有9人回复
- 【求助】关于分子动力学模拟疑惑
已经有6人回复
- 【求助】蛋白质在不同pH下动力学模拟
已经有5人回复
- 【求助】同源建模、分子动力学模拟和分子对接的关系是怎样的
已经有9人回复
- 【求助】蛋白质大分子的动力学模拟
已经有3人回复
- 【求助】计算机辅助药物设计
已经有9人回复
- 【求助】discovery stdudio 分子对接问题
已经有3人回复
- 【求助】分子模拟时各物质所处的条件
已经有11人回复
keke_1210
木虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3050.7
- 红花: 1
- 帖子: 122
- 在线: 123.7小时
- 虫号: 1999637
- 注册: 2012-09-14
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
8楼2013-06-05 14:30:01
郝明
新虫 (正式写手)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 71.5
- 散金: 30
- 帖子: 561
- 在线: 37.9小时
- 虫号: 1292574
- 注册: 2011-05-11
- 性别: MM
- 专业: 生化分析及生物传感
2楼2012-03-16 08:35:04
苹果变菠萝
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2125.7
- 散金: 52
- 红花: 3
- 帖子: 181
- 在线: 175.9小时
- 虫号: 1186835
- 注册: 2011-01-10
- 性别: MM
- 专业: 生物信息学
3楼2012-03-16 12:06:18
sinokang
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 23505.4
- 散金: 167
- 红花: 4
- 帖子: 4194
- 在线: 243.6小时
- 虫号: 771160
- 注册: 2009-05-15
- 专业: 合成药物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-21 14:21:49
苹果变菠萝: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-04-21 15:12:38
苹果变菠萝: 金币+5 2012-04-22 15:06:05
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-21 14:21:49
苹果变菠萝: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-04-21 15:12:38
苹果变菠萝: 金币+5 2012-04-22 15:06:05
| 多肽对接的话，我之前用过MOE，一个25肽，效果还不错，发了篇文章Insights into binding modes of tumstatin peptide T7with the active site of αvβ3 integrin.你看参考一下 |
4楼2012-04-21 11:36:11
5