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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助：蛋白质对接 分子动力学
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苹果变菠萝

金虫 (小有名气)

[求助] 求助：蛋白质对接 分子动力学

一直是用sybyl做对接，但要做蛋白质和九肽的对接，如果用sybyl对接的话，九肽要保存为mol2格式，这样做amber准备复合物的时候就比较麻烦，蛋白质-九肽的对接用刚性对接应该更好解释吧，所以就用了DS 的ZDOCK。接着做动力学模拟，现在做了两个体系，一个体系在不到2ns时，多肽就和蛋白质分开了。另外一个体系现在快跑到5ns了，提出来复合物一看，多肽也变形了。
像这种情况是ZDOCK对接问题还是amber问题？
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1楼 2012-03-13 20:04:53
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

无愧于心2016

新虫 (小有名气)
请问楼主怎么用DS进行的对接前的优化？
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10楼2016-03-04 15:54:36
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普通回帖

郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-16 08:59:09
苹果变菠萝: 金币+5 2012-04-21 15:12:20
做之前它俩都优化了么 优化下再试试 还有你对接的点对么 我以前对接的点不对出来也是变形的
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2楼2012-03-16 08:35:04
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苹果变菠萝

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 郝明 at 2012-03-16 08:35:04:
做之前它俩都优化了么 优化下再试试 还有你对接的点对么 我以前对接的点不对出来也是变形的

对接之前对他们都没优化，怕影响对接结果。我用的DS的ZDOCK刚性对接，在蛋白质中还有小分子，在DS优化时，小分子就加不上立场，优化失败。DS的优化能识别小分子么？
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3楼2012-03-16 12:06:18
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sinokang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-21 14:21:49
苹果变菠萝: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-04-21 15:12:38
苹果变菠萝: 金币+5 2012-04-22 15:06:05
多肽对接的话，我之前用过MOE，一个25肽，效果还不错，发了篇文章Insights into binding modes of tumstatin peptide T7with the active site of αvβ3 integrin.你看参考一下
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4楼2012-04-21 11:36:11
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苹果变菠萝

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sinokang at 2012-04-21 11:36:11:
多肽对接的话，我之前用过MOE，一个25肽，效果还不错，发了篇文章Insights into binding modes of tumstatin peptide T7with the active site of αvβ3 integrin.你看参考一下

这篇文章下不下来，能不能给我发一份？谢谢
邮箱：wang_qing88@163.com
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5楼2012-04-21 15:12:00
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zibizheng

新虫 (初入文坛)
楼主能不能给我也发一份，灰常感谢！
邮箱：quanmeifang@yeah.net
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6楼2012-10-23 16:16:23
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0709436
7楼2012-12-19 11:28:22
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keke_1210

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 苹果变菠萝 at 2012-03-16 12:06:18
对接之前对他们都没优化，怕影响对接结果。我用的DS的ZDOCK刚性对接，在蛋白质中还有小分子，在DS优化时，小分子就加不上立场，优化失败。DS的优化能识别小分子么？...

我现在做的也是蛋白质与多肽对接，且蛋白质中有小分子，楼主最后问题是怎么解决的？3楼的这篇文章也给我发一份吧
谢谢
邮箱：dongkeke89@126.com
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你好吗
8楼2013-06-05 14:30:01
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keke_1210

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 苹果变菠萝 at 2012-03-16 12:06:18
对接之前对他们都没优化，怕影响对接结果。我用的DS的ZDOCK刚性对接，在蛋白质中还有小分子，在DS优化时，小分子就加不上立场，优化失败。DS的优化能识别小分子么？...

蛋白质里有小分子，再与多肽刚性对接的时候，用zdock怎么对接呢，我做的时候好像小分子的参数不识别啊
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你好吗
9楼2013-06-13 08:48:03
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