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一直是用sybyl做对接，但要做蛋白质和九肽的对接，如果用sybyl对接的话，九肽要保存为mol2格式，这样做amber准备复合物的时候就比较麻烦，蛋白质-九肽的对接用刚性对接应该更好解释吧，所以就用了DS 的ZDOCK。接着做动力学模拟，现在做了两个体系，一个体系在不到2ns时，多肽就和蛋白质分开了。另外一个体系现在快跑到5ns了，提出来复合物一看，多肽也变形了。 像这种情况是ZDOCK对接问题还是amber问题？ |
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| 多肽对接的话，我之前用过MOE，一个25肽，效果还不错，发了篇文章Insights into binding modes of tumstatin peptide T7with the active site of αvβ3 integrin.你看参考一下 |
4楼2012-04-21 11:36:11
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