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求问：解读NCBI 保守结构域分析结果
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由于基础知识薄弱，利用NCBI中的conserved domain search 工具分析一蛋白序列结果后，对显示的结果看不大明白。向各位求教，望多多相助并详细解答，谢谢！ 分析结果如附件显示，请问： 1.分析结果中的sepcific hits 指的是什么？ 2.分析结果中的superfamilies指的是什么？为什么一段序列会出现多个家族的 信息？superfamilies这一行中第二个TPP-enzym跟TPP-enzymes不一样吗？ 3.Multi-domains中文含义又指的是什么？为什么在NCBI上分别用blastp搜索后的结果跟专用conserved domains 程序搜索后该行显示的数据不一致呢？ 4.用专业的语言怎样准确分析图片中的结果呢？ 今天搜索了几篇文献，看了后感觉表述也不是太清楚。 问题比较多，也比较啰嗦，望多多相助！  blastp搜索出来的结果  conserved domains工具搜索出来的结果 |
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5楼2012-03-06 11:53:13
wanhscn
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
小丹木木(金币+2, 专家考核): 一如既往的仰慕ing 2012-03-07 16:39:22
vvkaka(金币+5): ★★★很有帮助 2012-03-08 23:50:07
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superfamilies 一个是 TPP_enzymes 还有一个是TPP_enzyme_PYR 两个不一样，后面那个包含了 PYR/PP interface 结构域 sepcific hits 你所blast的具体可能是什么蛋白，superfamilies 就是说你这个蛋白有可能属于哪个家族或者超家族，Multidomain说明该蛋白是 Multidomain 蛋白，这是个由小到大的范围，就好像是生物的分类：种 属 科 目 纲 门 界。 蛋白中，随着时间不断进化组合，如今大部分蛋白属于 Multidomain 蛋白。 至于编号为什么不一样，可能是系统编号不一样，有可能其对应的Multidomain 蛋白 分类是一样的，或者未知！ |
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vvkaka
7楼2012-03-07 14:08:28
8楼2012-03-08 23:50:44
9楼2012-05-20 08:32:58
