24小时热门版块排行榜    

查看: 6136  |  回复: 18
本帖产生 1 个 CMEI ,点击这里进行查看

p452_1

至尊木虫 (知名作家)

[交流] 交流:晶体结构精修完了,生成完整的晶体结构报表指南已有16人参与

有些同学和同事,晶体结构解析完成了,却受困惑于怎样生成完整的晶体结构报表。完整的结构参数表格是主要根据cif文件生成的,所以要想有完整的晶体结构报表,之前必须要首先产生尽量完整的cif文件。要想通过xcif产生完整的结构参数表格,需要做好以下几步:

1、最好在单晶收衍射数据设置时候,就把晶体的形状、颜色、大小尺寸和测试温度输入进去,这样产生的p4p文件里会自动记录下这些有用的信息,在解析晶体结构时候,生成的pcf文件里就会存有这些信息。另外,这些信息的录入对正确地吸收校正原始衍射数据有好处。

2、首先需要在ins文件中加入几行关于结构参数的指令如下:
acta (生成cif文件)
bond $H(所有键长键角,包括H的)
conf(关于扭转角的)
htab (关于氢键的)
SIZE (晶体的大小尺寸)
TEMP (测试温度)
等等,如果需要更多的结构参数列表,还需要加入相关的命令,保存。

3、使用这个ins文件进行精修,注意精修的最大偏差归零,产生新的cif文件。

4、编辑pcf文件。首先检查对称性和空间群是否正确,然后检查晶体的形状、颜色和大小尺寸,还有测试温度,以及试验的密度,如果不对或者为零的,需要填写。一般试验的密度那一行填写‘?’表示你没有测试密度,吸收校正那一行,可以填写‘multi-scan’,你可以根据自己做的吸收校正类型进行填写。

5、pcf文件主要用来在Xcif中改写cif文件,补充cif文件中必须要填写的信息。这个操作是Xcif中的 'C' 选项,需要先做,基本上follow电脑上出现的选项即可。

6、下面作结构参数表格,是Xcif中的 'T' 选项,需要使用cif文件和数据文件(与cif文件名字相同)。

7、需要根据要求,首先给出结构表格的名称。注意扩展名可以选择rtf或者tex,然后一步,对应于rtf文件,需要选择rta格式;如果是tex格式,就要选择ang或者def格式。然后根据自己的需要,在各种结构表格选项后选择Yes或者No,生成结构参数表格,最后选择退出Xcif即可。

8、结构参数表格的rtf文件容易出错,比如氢键列表,如果在ins文件中,虽然给出了htab命令,但是没有给出具体的每个氢键根据对称操作的列表,那么在cif文件中就不会有对应的具体氢键列出来。这样在结构表格选项的最后一项是氢键列表,选择No可以,如果选择Yes就会出错,导致生成的结构参数表格打不开,所以一定要避免。

以上列出的几点操作和注意事项属于个人经验,欢迎专家和爱好者多来交流,批评指正。


[ Last edited by p452_1 on 2012-2-27 at 02:30 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

光催化专辑 初学晶体 单晶解析 科研工具
GSAS结构精修 晶体解析相关 初学晶体--单晶&共晶 晶体解析
晶体解析的方法和疑问 好帖子 加油站 我的
晶体方面 写作 结构解析 好帖收录

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

老歪博
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

p452_1

至尊木虫 (知名作家)

这些知识应该是在科研工作者中普及的知识,我以前也曾经受困于此,以上为自己的经验,与各位分享。
老歪博
9楼2012-02-27 16:15:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

mashulin

铁杆木虫 (正式写手)

感谢交流
2楼2012-02-27 05:59:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunjing120

铁杆木虫 (小有名气)

老太太


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
谢谢热心人!!!
sunjing
3楼2012-02-27 08:29:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
送鲜花一朵
4楼2012-02-27 08:35:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjh522996

银虫 (正式写手)

谢谢,学习中
5楼2012-02-27 08:41:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abcd007140

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫首席软件技术总监

送鲜花一朵
很好 学习了
听从内心
6楼2012-02-27 08:49:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
7楼2012-02-27 10:42:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

朱瑞敏

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
真是雪中送炭呀,太好了,感谢非常!
8楼2012-02-27 10:49:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Daoyong

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
谢谢哈,学到了不少东西啊
Don't trouble trouble until trouble troubles you!
10楼2012-05-16 21:31:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 p452_1 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 关于硕博连读的一些疑问? +9 Lwenter 2024-06-14 11/550 2024-06-20 21:20 by rhhua11111
[有机交流] ππ堆积会发生在有机溶剂中吗 5+3 zibuyu0420 2024-06-13 5/250 2024-06-20 20:42 by liuyupu132
[基金申请] 江苏省333人才工程 出校后被刷的概率大不大? +3 maxbirdzhang 2024-06-19 3/150 2024-06-20 18:57 by sjk0935119
[有机交流] 跑板能跑开,过柱过不纯怎么办 +6 小胡在努力 2024-06-18 8/400 2024-06-20 18:54 by HF111001
[有机交流] 想要用氢化钠拔掉吲哚N上的氢取代酰氯 50+3 光敏剂 2024-06-19 4/200 2024-06-20 18:41 by HF111001
[基金申请] 江南大学到瑞士招聘,称取消非升即走,改预聘+长聘 +21 babu2015 2024-06-18 23/1150 2024-06-20 18:25 by zpv2011
[基金申请] 青年基金会评专家到底是怎么会评的呀?主审专家是不是一般不会改动系统按函评给的顺序 5+4 他山攻玉之石 2024-06-18 18/900 2024-06-20 16:33 by 他山攻玉之石
[教师之家] 每次骚扰女学生的都是院系领导,而不是普通教师,小编们要注意措辞正确 +11 zju2000 2024-06-15 13/650 2024-06-20 15:19 by ase123456
[文学芳草园] 累并快乐着 +21 MYHLD521 2024-06-14 21/1050 2024-06-20 13:34 by 1429524838
[基金申请] F03青年基金函评结果 +3 暨阳一只柴 2024-06-19 4/200 2024-06-20 11:15 by 暨阳一只柴
[考博] 关于读博感觉自己很抓马 +9 小九月 2024-06-19 12/600 2024-06-20 11:06 by SCITOPPP
[基金申请] 工材口青年基金上会可能性 +8 今晚推荐22 2024-06-19 10/500 2024-06-20 11:00 by 手心里的幸福
[催化] 镍负载氧化铝的保存问题 8+3 lwn0130 2024-06-15 6/300 2024-06-20 09:00 by lwn0130
[基金申请] Nature 11日发文,中国著名学者们称造假迫不得已 +8 babu2015 2024-06-14 8/400 2024-06-19 15:25 by 风今25
[公派出国] 去英国的小伙伴儿都在哪儿租的房子呀? +7 65syn 2024-06-14 11/550 2024-06-19 10:19 by 65syn
[教师之家] 请问事业编制和年薪制冲突吗? +12 ZHONGWU_U 2024-06-14 12/600 2024-06-18 19:31 by fangyl2005
[高分子] 烧瓶内合成聚酯 +3 大帝国乐 2024-06-17 7/350 2024-06-18 11:10 by 大帝国乐
[硕博家园] 博士毕业高校和就业的相关问题 +7 SCITOPPP 2024-06-14 11/550 2024-06-18 07:51 by yinxing1995
[论文投稿] 二审返修送审10天了,原来一审的3个审稿人只有2个接受了审稿,会邀请新审稿人么? 50+3 huanpo116 2024-06-15 5/250 2024-06-16 10:27 by bobvan
[基金申请] 博后基金,以往的结果点不开,怎么回事呢?最后一次机会了,两次都没中前面。 +7 kyukitu 2024-06-14 13/650 2024-06-15 06:46 by 我是王小帅
信息提示
请填处理意见